结论前置：在个人所得税APP上显示有两个公司任职，与其中一家公司进行劳动仲裁，一般来说，不会直接影响劳动仲裁的结果，但可能会在仲裁过程中涉及一些与两家公司都相关的证据或事实认定问题。

详细分析：

1. 个人所得税APP的任职信息：

   • 个人所得税APP上显示的任职信息，主要是基于税务申报和记录的目的。它反映了你在税务系统中的任职情况，但并不直接决定或影响你与某家公司之间的劳动关系或劳动争议。
   • 如果你确实在两家公司都有任职，并且与其中一家公司存在劳动争议，那么个人所得税APP上的信息可以作为你任职情况的一种证明，但并非决定性证据。

2. 劳动仲裁的过程与依据：

   • 劳动仲裁是解决劳动争议的一种法律程序，它主要依据的是劳动合同、工资单、工作记录、考勤记录等直接相关的证据。
   • 仲裁庭在审理案件时，会关注争议双方提供的证据，以及这些证据是否能够证明各自的主张。个人所得税APP上的任职信息，虽然可能作为辅助证据，但并非仲裁的主要依据。

3. 可能涉及的问题：

   • 如果你在两家公司都有任职，并且与其中一家公司存在劳动争议，那么在仲裁过程中，另一家公司可能会成为潜在的关联方或证人。例如，如果争议涉及工作时间、加班费等，另一家公司的工作记录或考勤记录可能作为参考。
   • 另外，如果你在两家公司的任职情况存在重叠或冲突（如同时担任两家公司的全职员工），这可能会引发关于劳动关系真实性的争议。但这种情况需要具体分析，并非绝对影响仲裁结果。

4. 法律建议：

   • 在进行劳动仲裁前，建议你整理好所有与争议相关的证据，包括劳动合同、工资单、工作记录、考勤记录等。
   • 如果个人所得税APP上的任职信息对你的仲裁案件有影响（如作为辅助证据），你可以将其作为证据之一提交给仲裁庭。
   • 如果你对仲裁过程或结果有任何疑问或担忧，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

总结：个人所得税APP上显示有两个公司任职，并不会直接影响你与其中一家公司的劳动仲裁结果。但你需要关注仲裁过程中可能涉及的与两家公司都相关的证据或事实认定问题，并准备好相应的证据来支持自己的主张。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。