公司不能仅以“不胜任”为由直接辞退无固定期限劳动合同的员工，必须遵循法定程序和条件。以下是对这一问题的详细分析：
一、法定解除情形与程序
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在解除劳动合同时，必须具备法定的理由，并且需要遵循一定的程序。对于“不胜任工作”这一情形，法律有明确的规定和程序要求：
不胜任工作的认定：用人单位需要证明劳动者确实不能胜任工作，这通常需要通过绩效考核、工作评估等方式进行客观评价。
培训或调整岗位：在认定劳动者不胜任工作后，用人单位不能直接解除劳动合同，而是应当先对劳动者进行培训或者调整其工作岗位，以帮助其提升工作能力或适应新的工作岗位。
再次不胜任的解除：如果经过培训或调整岗位后，劳动者仍然不能胜任工作，用人单位才可以考虑解除劳动合同。但即便如此，用人单位还需要提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，才能解除劳动合同。
二、违法解除的后果
如果用人单位未按照上述法定程序和条件解除无固定期限劳动合同的员工，即构成违法解除劳动合同，需要承担相应的法律责任。具体来说：
继续履行合同：劳动者有权要求用人单位继续履行原劳动合同，恢复劳动关系。
支付赔偿金：如果劳动者不要求继续履行合同或者合同已经无法继续履行，用人单位需要支付违法解除劳动合同的赔偿金。赔偿金的计算标准为经济补偿标准的二倍。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
三、实际案例与启示
在实际操作中，因“不胜任工作”而解除劳动合同的纠纷屡见不鲜。许多用人单位由于未能充分证明劳动者不胜任工作，或者未按照法定程序进行解除，最终被认定为违法解除劳动合同，需要支付高额的赔偿金。因此，用人单位在解除劳动合同时，必须严格遵守法律法规的规定，确保合法合规。
四、建议与措施
完善考核制度：用人单位应当建立完善的绩效考核制度，确保对劳动者的工作表现进行客观、公正的评价。
遵循法定程序：在解除劳动合同时，用人单位必须遵循法定程序和条件，确保解除行为的合法性。
加强沟通与协商：在解除劳动合同前，用人单位应当与劳动者进行充分的沟通和协商，尽量达成一致意见，减少纠纷的发生。
寻求法律帮助：如果用人单位对解除劳动合同的法律程序和条件存在疑问或不确定，可以寻求专业律师的法律帮助，以确保解除行为的合法性和合规性。
综上所述，公司不能仅以“不胜任”为由直接辞退无固定期限劳动合同的员工。在解除劳动合同时，用人单位必须遵循法定程序和条件，确保合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。