结论：在建设工程施工合同纠纷案件中，如果合同中约定了有效的仲裁条款，则不能直接去法院起诉，而应先申请仲裁；若合同中未约定仲裁条款或仲裁条款无效，则可以直接向法院起诉。
一、存在有效仲裁条款的情况
仲裁条款的效力：
- 若建设工程施工合同中明确约定了有效的仲裁条款，即包含了明确的请求仲裁意思表示、仲裁事项及选定的合法仲裁委员会，则该仲裁条款具有法律效力。
- 根据《仲裁法》的相关规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。
仲裁程序：
- 在存在有效仲裁条款的情况下，当事人应当向约定的仲裁机构申请仲裁。
- 仲裁裁决具有终局性，一旦作出，当事人就同一纠纷再向人民法院起诉的，人民法院将不予受理。
二、不存在有效仲裁条款或仲裁条款无效的情况
直接起诉的条件：
- 若建设工程施工合同中未约定仲裁条款，或仲裁条款因缺乏明确性、违反法律规定等原因而无效，则当事人有权直接向有管辖权的人民法院提起诉讼。
- 提起诉讼需满足《民事诉讼法》规定的条件，包括原告资格、明确被告、具体诉讼请求和事实理由、以及属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院具有管辖权等。
管辖法院的确定：
- 建设工程施工合同纠纷按照不动产纠纷确定管辖，即由建设工程所在地的人民法院专属管辖。
- 专属管辖具有强制性，排除了当事人通过协议方式改变管辖法院的权利。即使当事人在合同中约定了其他管辖法院，该约定也是无效的。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 在决定起诉或申请仲裁前，当事人应首先审查建设工程施工合同中的争议解决条款，明确是否存在有效的仲裁条款。
收集证据材料：
- 无论选择起诉还是仲裁，当事人都应收集并整理好相关证据材料，如合同文本、工程结算单、付款记录、往来函件等，以支持自己的主张。
咨询专业意见：
- 在处理建设工程施工合同纠纷时，由于涉及的法律问题较为复杂，建议当事人咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到充分保护。
四、法律后果
若违反仲裁条款直接起诉：
- 若合同中存在有效仲裁条款而当事人直接向法院起诉，法院将不予受理，并可能告知当事人向约定的仲裁机构申请仲裁。
若错过仲裁或诉讼时效：
- 无论是仲裁还是诉讼，都存在时效问题。若当事人未在规定的时效期间内提起仲裁或诉讼，将可能丧失胜诉权。
综上所述，在处理建设工程施工合同纠纷时，当事人应根据合同中的争议解决条款及实际情况，合理选择是直接起诉还是先经仲裁。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。