结论：工厂上班请假扣星期天工资是否合理，需根据具体情况判断，一般情况下，若星期天属于正常工作日且请假制度合法合理，扣工资可能有一定合理性；但若星期天属于休息日或请假制度违法，则扣工资不合理。以下从不同角度详细分析：

一、星期天是否属于正常工作日

1. 若星期天属于正常工作日：

   • 根据《劳动法》及相关规定，劳动者在正常工作日内请假，用人单位有权根据请假制度扣除相应工资。但前提是，该请假制度必须合法合理，且已向劳动者明确告知。
   • 合法合理的请假制度：通常包括请假流程、请假条件、请假期间的工资扣除标准等。若这些制度符合法律法规，且劳动者在请假时已知悉并同意，则用人单位扣除星期天工资的行为可能被视为合理。

2. 若星期天属于休息日：

   • 根据《劳动法》第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。若星期天属于用人单位安排的休息日，劳动者在休息日请假，用人单位通常不应扣除工资。
   • 特殊情况：若因工作需要，用人单位安排劳动者在休息日工作，并后续安排补休或支付加班费，则劳动者在补休期间请假，用人单位扣除工资的行为可能缺乏法律依据。

二、请假制度是否合法合理

1. 合法性：

   • 请假制度必须符合《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规的规定。例如，不得违反最低工资标准、不得侵犯劳动者休息权等。
   • 若请假制度违反法律法规，如无故扣除劳动者工资、设置不合理的请假条件等，则该制度无效，用人单位扣除星期天工资的行为可能被视为违法。

2. 合理性：

   • 请假制度应公平合理，考虑劳动者的实际情况和用人单位的运营需求。例如，对于突发疾病、家庭紧急事务等合理请假事由，用人单位应给予理解和支持，避免过度扣除工资。
   • 若请假制度过于严苛，如无论何种原因请假均扣除高额工资，则可能被视为不合理，引发劳动纠纷。

三、实际操作建议

1. 劳动者角度：

   • 在请假前，应仔细阅读用人单位的请假制度，了解请假期间的工资扣除标准。
   • 若对请假制度有疑问或认为不合理，可与用人单位沟通协商，寻求合理解决方案。
   • 若用人单位无故扣除工资或违反法律法规，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 用人单位角度：

   • 应制定合法合理的请假制度，并向劳动者明确告知。
   • 在处理请假事宜时，应充分考虑劳动者的实际情况和合理需求，避免过度扣除工资或设置不合理的请假条件。
   • 若与劳动者发生劳动纠纷，应积极协商解决，避免矛盾升级。

总结：工厂上班请假扣星期天工资是否合理，需根据星期天是否属于正常工作日以及请假制度是否合法合理来判断。若您对此有疑问或遇到相关劳动纠纷，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业法律建议。