结论前置：
详细分析：
一、法律规定与合同效力
违章建筑的定义：违章建筑是指未依法取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定而建造的房屋。这类建筑违反了城市规划、建筑管理等相关法律法规的强制性规定。
合同效力的判定：根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条的规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。因此，基于违章建筑签订的承包合同（包含房屋租赁部分），因其标的物（即违章建筑）不合法，通常会被认定为违反法律强制性规定，进而导致合同无效。
特殊情况的补正：然而，法律也允许在特定情况下认定此类合同有效。具体来说，如果在一审法庭辩论终结前，出租人能够取得建设工程规划许可证或者获得主管部门的批准建设，那么该承包合同（包含房屋租赁部分）的效力将得到补正，即合同可被视为有效。这一规定为出租人提供了补救的机会，以确保合同的合法性。
二、合同无效的法律后果
房屋占有使用费：即使承包合同（包含房屋租赁部分）被认定无效，如果承租人已经占有使用了房屋，出租人仍有权要求承租人参照合同约定的租金标准支付房屋占有使用费。这是基于公平原则和对出租人实际损失的补偿考虑。
损失赔偿：因合同无效给双方造成的损失，应遵循过错责任原则进行赔偿。即有过错的一方应赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，则各自承担相应的责任。
三、实际操作中的建议
核实房屋合法性：在签订承包合同（包含房屋租赁部分）前，承租人应仔细核实房屋的合法性，包括查验建设工程规划许可证等相关证件。这有助于避免不必要的法律风险和纠纷。
及时咨询法律意见：如果承包合同中涉及的房屋可能存在违章建筑的情况，建议及时向我咨询法律意见。我可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
关注合同履行风险：违章建筑存在被依法拆除的可能性，这将直接导致承租人无法继续使用租赁房屋，合同目的无法实现。因此，在签订合同时，应充分考虑这一风险，并约定相应的违约责任和赔偿条款。
总结与建议：
综上所述，承包合同中涉及房屋租赁且房屋为违章建筑时，该承包合同在一般情况下是无效的。但在特定情况下，如出租人在一审法庭辩论终结前取得相关许可或批准，合同可能被视为有效。因此，在签订此类合同时，务必谨慎核实房屋的合法性，并及时咨询法律意见以降低法律风险。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。