结论前置：公司更改薪酬制度时，员工是否能申请仲裁，主要取决于变更过程是否合法合规以及是否损害了员工的合法权益。若变更未经协商一致或损害了员工权益，员工有权申请仲裁；反之，若变更合法合理且经协商一致，则员工申请仲裁可能不会得到支持。
一、可申请仲裁的情形
未经协商一致：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，且变更应当采用书面形式。
- 具体情形：如果公司单方面更改薪酬制度，如调整工资结构、增加绩效考核等，未与员工进行协商并取得其同意，这种行为违反了劳动合同关于劳动报酬的约定。员工有权申请劳动仲裁，要求公司恢复原薪酬制度，并赔偿因不合理变动导致的工资损失。
损害员工权益：
- 判断标准：新的薪酬制度应公平合理，不应导致员工实际收入大幅减少，或绩效考核标准不明确、不公正，被用作恶意克扣工资的手段。
- 具体案例：例如，原本工资固定为每月8000元，公司突然将工资结构改为3000元基本工资 + 5000元绩效工资，且绩效标准模糊，导致员工难以达到考核要求，从而无法获得足额绩效工资。在这种情况下，员工可以申请仲裁，维护自身合法权益。
二、难以仲裁成功的情形
协商一致变更：
- 法律效力：若公司与员工就薪酬制度的调整进行了充分沟通，并且以书面形式（如签订补充劳动合同等）表示双方达成了一致意见，那么这种变更具有法律效力。
- 仲裁结果：在此情况下，员工再以薪酬制度变更为由申请仲裁，仲裁机构通常不会支持其请求。
合法合理变更：
- 判断依据：公司基于合法合理的经营需要对薪酬制度进行调整，且调整后的方案公平合理，不损害员工基本权益，同时履行了相应的告知义务。
- 具体实例：例如，由于市场环境变化、业务转型等客观原因，公司需要调整薪酬制度。在与员工充分沟通后，公司适当降低绩效工资占比，但保证员工基本工资不变且总体收入水平波动不大。这种变更可能被认为是合理的，员工申请仲裁可能不会得到支持。
三、综合建议
- 协商先行：在面临薪酬制度变更时，员工应首先与公司进行沟通协商，尝试达成共识。这有助于维护良好的劳动关系，避免不必要的法律纠纷。
- 保留证据：如果认为公司的变更行为损害了自身权益，员工应保留相关证据（如劳动合同、工资单、考核标准等），以便后续维权。这些证据在申请仲裁或提起诉讼时将起到关键作用。
- 法律途径：协商不成时，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。但需注意，申请仲裁前需确保自己的主张符合法律法规和事实依据。
综上所述，公司更改薪酬制度时，员工是否能申请仲裁需根据具体情况判断。关键在于变更过程是否合法合规以及是否损害了员工的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。