有编制员工多年前被事业单位自动离职，多年后才知道，是可以向法院起诉的，但需注意诉讼时效的问题。以下从几个方面为你详细分析：
一、法律关系的认定
有编制员工与事业单位之间通常构成人事关系，而非普通的劳动关系。人事关系受《事业单位人事管理条例》等相关法律法规的调整。当事业单位未经合法程序对员工进行“自动离职”处理时，可能构成违法解除人事关系。
二、诉讼时效的考量
一般规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
特殊情况下的诉讼时效：
- 在人事争议中，如果员工在多年后才知道自己被“自动离职”，且在此期间一直不知情或无法行使权利，那么诉讼时效的起算点可能会从员工知道或应当知道权利被侵害之日起计算。但具体还需根据案件事实和证据来判断。
- 另外，如果事业单位的“自动离职”处理存在欺诈、胁迫等情形，导致员工在多年后才得知真相，那么员工仍有权在知道真相后的一定期限内提起诉讼。
最长诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条第二款，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。这是最长诉讼时效的规定，适用于所有民事权利的保护。
三、起诉的可行性及建议
起诉的可行性：
- 尽管时间已经过去多年，但如果员工能够证明自己是在不知情或无法行使权利的情况下被“自动离职”，且诉讼时效尚未届满（即从知道或应当知道权利被侵害之日起未超过三年，或从权利被侵害之日起未超过二十年），那么员工仍然有权向法院提起诉讼，要求确认事业单位的“自动离职”处理违法，并寻求相应的法律救济。
建议：
- 收集证据：员工应尽快收集与“自动离职”相关的证据，如工作记录、工资单、同事证言等，以证明自己与事业单位之间存在人事关系，以及事业单位的“自动离职”处理违法。
- 咨询律师：由于人事争议案件涉及复杂的法律关系和证据收集，建议员工在起诉前咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。
- 及时起诉：如果诉讼时效即将届满或已经届满，但员工有充分证据证明自己是在不知情或无法行使权利的情况下被“自动离职”，且存在诉讼时效中断或延长的情形，那么员工应尽快向法院提起诉讼，以免丧失胜诉权。
总结来说，有编制员工多年前被事业单位自动离职，多年后才知道，仍然有权向法院起诉，但需注意诉讼时效的问题。如果诉讼时效尚未届满，且员工能够证明事业单位的“自动离职”处理违法，那么员工有可能获得法院的支持。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。