结论：履行竞业协议时，若公司声称在工作发工资时已经发放过竞业补偿金，离职后不再支付，这一做法是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
竞业补偿金的支付时间与方式：
- 竞业补偿金通常是在员工离职后，按照约定的时间和方式支付给员工的。这是为了补偿员工因遵守竞业限制协议而可能遭受的损失。
- 如果公司主张在工作期间已经通过工资形式支付了竞业补偿金，那么需要明确这一点是否在劳动合同或竞业限制协议中有明确约定，并且该约定是否符合法律法规的规定。
法律法规的约束：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，竞业限制期限内，用人单位应当按月给予劳动者经济补偿。这意味着，竞业补偿金通常应当按月支付，而不是在工作期间一次性支付或融入工资中。
- 如果公司未按照法律法规的规定支付竞业补偿金，员工有权要求公司按照约定或法律法规的规定进行支付。
协议的具体内容：
- 竞业限制协议的具体内容对于判断公司做法的合法性至关重要。如果协议中明确规定了竞业补偿金的支付时间、方式和金额，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司应当按照协议履行。
- 如果协议中未明确规定或规定模糊，那么公司主张在工作期间已经支付竞业补偿金的做法可能缺乏法律依据。
实际操作中的建议：
- 对于员工而言，如果公司提出在工作期间已经支付了竞业补偿金，并且拒绝在离职后继续支付，员工应当首先审查劳动合同和竞业限制协议的相关条款。
- 如果协议中有明确约定且符合法律法规规定，员工可以与公司进行协商，要求公司按照协议履行。如果协商无果，员工可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。
- 如果协议中未明确规定或规定模糊，员工可以要求公司出具相关证据证明已经支付了竞业补偿金，并根据实际情况决定是否采取法律行动。
可能后果与风险提示：
- 如果公司未按照法律法规或协议约定支付竞业补偿金，员工有权要求公司支付，并可能因此获得相应的经济赔偿。
- 同时，员工也需要注意，如果违反竞业限制协议，可能需要承担违约责任，包括支付违约金等。
总结与建议：
- 履行竞业协议时，竞业补偿金的支付是一个关键问题。公司主张在工作期间已经支付了竞业补偿金并不一定合法，需要具体审查劳动合同和竞业限制协议的相关条款。
- 如果你面临类似问题，建议先仔细审查相关协议和法律法规，然后与公司进行协商。如果协商无果，可以向我咨询，我会根据你的具体情况提供进一步的法律建议。