若在国外工作期间患疟疾被认定为工伤，赔偿需结合国内工伤保险条例及国际劳务合作相关法律处理，具体赔偿流程和标准如下：

一、核心赔偿依据：国内工伤保险条例的适用性

根据《工伤保险条例》第十四条，职工在“因工外出期间，由于工作原因受到伤害或者发生事故下落不明”的情形，应当认定为工伤。疟疾作为通过蚊虫叮咬传播的传染病，若因工作需要长期驻外（如非洲、东南亚等疟疾高发区），且工作环境中无法避免蚊虫叮咬（如野外作业、无防蚊设施的工地），可主张疟疾与工作存在直接因果关系，符合工伤认定条件。

关键证据：需提供劳动合同、境外工作证明、医疗诊断书（明确疟疾感染时间、地点）、工作场所环境描述（如蚊虫密度记录、防蚊措施缺失证明）等，以证明疾病与工作的关联性。

二、赔偿项目及标准：分情况说明

1. 医疗费用
   根据《工伤保险条例》第三十条，工伤医疗费用（包括诊断费、治疗费、药品费、住院费等）由工伤保险基金或用人单位全额承担。若在国外治疗，需保留原始医疗票据（需翻译并公证），回国后通过社保部门报销；若用人单位未缴纳工伤保险，则由用人单位直接支付。

2. 停工留薪期工资
   根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工伤需要暂停工作接受治疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由用人单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，具体期限需由劳动能力鉴定委员会确认。

3. 伤残补助金（若构成伤残）
   若疟疾治疗导致后遗症（如脑损伤、器官功能障碍等），经劳动能力鉴定构成伤残等级（一至十级），可依据《工伤保险条例》第三十五至三十七条获得一次性伤残补助金。例如，十级伤残为7个月本人工资，九级为9个月，依此类推。

4. 境外特殊补助
   若劳动合同或用人单位规章制度中约定了“境外工作津贴”“传染病补助”等条款，可主张额外补偿。例如，部分企业会为高风险地区员工购买商业保险，覆盖境外医疗、紧急撤离等费用，需查阅合同条款并申请理赔。

三、国际劳务合作中的特殊情形

若通过劳务派遣公司出国工作，需明确责任主体：

• 派遣单位与用工单位连带责任：根据《劳动合同法》第九十二条，劳务派遣单位未缴纳工伤保险的，由派遣单位承担赔偿；若用工单位存在过错（如未提供防蚊设备），需与派遣单位连带赔偿。
  
• 国际条约适用：若目的地国与中国签订了社会保险双边协定（如中国与德国、韩国等），可依据协定简化报销流程或享受当地工伤待遇，需向社保部门申请协调。

四、操作建议：分步骤维权

1. 立即报告：确诊后24小时内通知用人单位，并要求其协助申请工伤认定；若用人单位拒绝，可自行向社保部门提交材料（需在事故发生或确诊之日起1年内提出）。
   
2. 保留证据：保存所有医疗记录、工作证明、沟通记录（如邮件、微信），必要时可委托公证处固定证据。
   
3. 协商或诉讼：若用人单位拒赔，可向劳动仲裁委员会申请仲裁；对仲裁结果不服的，可在15日内向法院起诉。
   

提示：疟疾工伤赔偿的关键在于证明疾病与工作的因果关系，建议优先通过专业机构（如职业病诊断鉴定委员会）出具鉴定报告，增强主张的合法性。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。