公司要检查员工工作电脑，员工不配合的情况下，首先需要明确的是，员工并非必须无条件配合公司的电脑检查，但具体处理方式需结合实际情况和法律规定来综合判断。以下是从不同角度给出的详细分析：
一、公司检查员工工作电脑的合法性基础
公司规章制度：
- 如果公司有明确的规章制度，规定公司有权对员工的工作电脑进行检查，并且这些规章制度已经通过民主程序制定、公示或告知员工，那么员工应当遵守这些规定。
- 但，规章制度的内容必须合法，不能侵犯员工的隐私权等合法权益。例如，公司不能随意查看员工的私人邮件、聊天记录等与工作无关的内容。
劳动合同或保密协议：
- 如果劳动合同或保密协议中明确约定了公司有权对员工的工作电脑进行检查，员工也应当配合。
- 然而，这种约定同样不能违反法律法规的强制性规定，不能侵犯员工的合法权益。
二、员工不配合检查的可能后果及应对策略
如果公司检查合法且员工无正当理由不配合：
- 公司可能会根据规章制度对员工进行相应的纪律处分，如警告、罚款、甚至解除劳动合同。
- 建议：员工在收到公司检查通知时，应首先确认检查的合法性和合理性。如果认为检查侵犯了自己的合法权益，可以与公司沟通协商，要求公司说明检查的具体目的、范围和方式，并保留相关证据。
如果公司检查违法或侵犯员工合法权益：
- 员工有权拒绝公司的检查要求，并可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
- 具体做法：员工可以收集相关证据，如公司规章制度、劳动合同、检查通知等，证明公司的检查行为违法或侵犯了自己的合法权益。然后，可以向当地的劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼。
三、实际操作中的注意事项
保留证据：
- 无论是公司还是员工，在涉及电脑检查的问题上，都应当保留好相关证据，如规章制度、劳动合同、检查通知、沟通记录等。这些证据在后续的争议解决中可能起到关键作用。
沟通协商：
- 在出现争议时，双方应当首先尝试通过沟通协商来解决问题。这有助于减少矛盾升级和法律纠纷的发生。
寻求专业帮助：
- 如果双方无法自行解决问题，可以寻求专业律师或法律机构的帮助。他们可以提供专业的法律意见和解决方案，帮助双方更好地维护自己的合法权益。
总结来说，公司检查员工工作电脑并非无条件合法，员工在面对检查要求时也有权保护自己的合法权益。如果员工认为公司的检查行为违法或侵犯了自己的权益，可以拒绝配合并寻求法律援助。同时，双方都应当保留好相关证据，并在出现争议时尝试通过沟通协商来解决问题。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。