在建设工程施工合同纠纷案件中，若当事人对承包方式存在争议，进而需要进行工程价款鉴定，这是一个涉及多方面因素和复杂流程的过程。以下我将结合相关法律法规和实际操作经验，为您详细阐述如何进行工程价款鉴定。

一、明确鉴定申请主体

在建设工程施工合同纠纷中，造价鉴定的申请主体通常是对工程造价有明确争议且需要通过鉴定来支持其主张的一方。这既可能是发包方，也可能是承包方，具体取决于案件的具体情况和双方的争议焦点。例如，如果发包方对承包方报送的结算金额有异议，或者承包方认为发包方拖欠工程款且双方对造价未达成一致，任何一方都有权向人民法院申请进行造价鉴定。

二、准备鉴定所需材料

在进行工程价款鉴定前，双方需要准备一系列与工程造价相关的证据材料。这些材料包括但不限于：

1. 施工合同：详细查阅施工合同，特别是关于工程范围、工程量计算方法、计价方式、变更程序等条款，这些是后续鉴定的法律依据。
2. 施工图纸和设计变更文件：用于计算理论工程量，并结合施工记录、监理日志等资料进行修正。
3. 施工记录和监理日志：反映实际施工情况，包括施工进度、质量、变更等。
4. 工程变更通知和技术交底：记录工程变更的具体内容和要求。
5. 材料采购凭证和消耗记录：用于分析材料使用情况，推断相应工程内容的工程量。
6. 工程款支付凭证：证明发包方已支付的工程款情况。

三、确定鉴定机构

鉴定机构的确定可以通过以下两种方式：

1. 协商确定：双方当事人可以协商选择具有相应资质的鉴定机构，并向其共同委托进行鉴定。
2. 指定鉴定：若双方无法协商一致，可以向法院或仲裁机构申请，由其指定具备资格的鉴定机构进行鉴定。

四、鉴定方法与流程

鉴定机构在进行工程价款鉴定时，通常会采用以下方法：

1. 图纸计算法：依据施工图纸和设计变更文件，计算出理论工程量，并结合施工记录、监理日志等资料进行修正。
2. 现场勘查测量法：对工程实体进行实地测量，特别是无法仅依据图纸确定的部分，确保测量结果的准确性和可靠性。
3. 材料分析法：通过统计和分析施工过程中使用的各种主要材料的采购量和消耗量，推断出相应工程内容的工程量。
4. 成本倒推法：在特殊情况下，通过分析工程造价和成本构成来间接推断工程量，同时考虑市场价格波动因素进行合理调整。

鉴定流程通常包括：鉴定机构接受委托、组建鉴定团队、制定鉴定方案、进行现场勘查和测量、收集和分析证据材料、出具初步鉴定意见、组织双方当事人进行质证、对合理异议进行复核和修正、最终出具正式鉴定报告。

五、鉴定过程中的沟通与质证

在鉴定过程中，鉴定机构应与双方当事人保持密切沟通，及时要求补充必要的鉴定资料，并解答疑问。鉴定机构出具初步鉴定意见后，应组织双方当事人进行质证，认真听取当事人的意见，并对合理的异议进行复核和修正。

六、鉴定报告的出具与采信

鉴定机构应出具详细的鉴定报告，包括鉴定的依据、方法、过程和结论，以及相关的数据和计算过程。法院或仲裁机构会对鉴定报告进行审查，判断其是否符合法定程序和专业规范。只有经过审查并被采信的鉴定报告，才能作为确定工程价款和解决纠纷的有效依据。

七、特殊情况处理

在某些特殊情况下，即使双方当事人均未申请造价鉴定，法院也可能会依职权决定进行鉴定。这通常发生在案件涉及到国家利益、社会公共利益或他人合法权益，且工程造价的确定对于案件的公正审理具有重要意义时。

总结与建议

建设工程施工合同纠纷中的工程价款鉴定是一个复杂而细致的过程，需要双方当事人、鉴定机构和法院或仲裁机构的共同努力与配合。为预防此类纠纷的发生，建议在签订合同时就明确约定工程量的计算方法、计价方式、变更程序等关键条款，并在施工过程中加强沟通和监督。对于已经发生的纠纷，双方应积极配合鉴定工作，提供真实、完整的证据材料，以便鉴定机构能够准确、公正地出具鉴定报告。