建设工程合同纠纷案由的认定，主要依据当事人之间的基础法律关系，并结合工程性质、合同内容及人民法院的职权进行综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、依据工程性质与合同内容认定案由
合理界定“建设工程”范围：
- 根据《建筑法》及《建设工程质量管理条例》，建设工程包括土木工程、建筑工程、线路管道和设备安装工程及装修工程。这些工程均要求施工主体具备相应资质，因此应属于建设工程合同范围。
- 对于农村普通民房，虽严格来讲也属于建设工程合同，但鉴于农村建房多由个人施工或施工队承包，宜根据实际情况认定为承揽合同或劳务合同。
区分建设工程合同与其他合同：
- 建设工程合同容易与合作建房合同、房屋买卖合同、合资合作开发房地产合同等混淆。在立案时，需审查基础合同形式及内容，以准确认定案由。
- 例如，若合同实质为建设工程施工合同，但形式上表现为合作建房合同，则应认定为建设工程合同纠纷。
二、依据当事人之间的基础法律关系认定案由
民事案件案由的性质：
- 民事案件案由是民事诉讼案件的名称，反映案件所涉及的民事法律关系的性质。案由确定的正确与否，直接影响到正确适用法律的问题。
- 建设工程合同纠纷的案由构成因素属于“民事法律关系性质”一要素，不包含争议标的物、争议焦点、侵权方式等要素。
以诉争法律关系确定案由：
- 应当依据当事人之间诉争的法律关系来确定案由，这符合人民法院审判实践中一个案件解决一个法律关系（包括主从法律关系）的做法。
- 例如，若当事人之间因工程价款支付产生争议，则案由应认定为工程价款优先受偿权纠纷或施工合同纠纷等。
三、人民法院依职权确定案由
当事人可能规避法律：
- 在许多案件中，当事人出于规避法律、逃避法律监管、规避管辖等方面考虑，往往将双方争议的法律关系及诉讼请求内容以改头换面的形式出现。
- 例如，名为借款实为无效的建设工程施工合同关系，名为劳务费实为工程款等。
人民法院的主导权：
- 案由应当成为人民法院从程序上实现对受理案件的性质进行科学划分、分类管理的有效手段。人民法院应当在确定民事案件案由时具有主导权。
- 当然，在存在多项请求权的情形下，应当根据当事人自主选择行使的请求权，确定相应的案由。
四、特定类型合同纠纷的案由认定
劳务分包合同纠纷：
- 实践中，有总承包资质或专业承包资质的企业往往将其承接的工程中的劳务作业分包给具有相应劳务资质的劳务分包企业或不具备相应资质的企业或个人完成。
- 因劳务分包合同产生的纠纷，在审判实践中存在不同认识。由于《民事案件案由规定》还规定了劳务合同纠纷作为与建设工程合同纠纷并列的三级案由，有观点认为劳务分包合同应当属于劳务合同。但更倾向于根据合同实质内容认定案由，若合同实质为建设工程劳务分包，则应认定为建设工程合同纠纷。
其他特定类型合同纠纷：
- 如勘察合同纠纷、设计合同纠纷、监理合同纠纷、装饰装修合同纠纷等，均应根据合同实质内容及当事人诉争的法律关系来认定案由。
在实际操作中，建议您在立案时仔细审查合同形式及内容，明确诉争的法律关系，并咨询专业律师以确保案由认定的准确性。如果您在建设工程合同纠纷案由认定方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。