结论：公司要求员工上班上厕所刷卡这一行为，本身并不直接构成违法，但具体是否违法需结合该行为的目的、实施方式及对员工权益的影响来综合判断。
分析角度一：从劳动法规的角度
劳动法规的保障：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有休息休假的权利，这包括合理的工间休息时间。上厕所是员工正常的生理需求，属于休息休假的一部分，公司应当予以保障。
刷卡行为的目的：如果公司要求员工上厕所刷卡是为了统计工时、管理考勤等合理目的，且并未对员工上厕所的时间、次数等设置不合理的限制，那么这种行为通常不被视为违法。
对员工权益的影响：然而，如果公司通过刷卡行为对员工上厕所的时间、次数等进行严格限制，甚至以此作为扣减工资、罚款等处罚的依据，那么这种行为就可能侵犯了员工的合法权益，构成违法。
分析角度二：从隐私权的角度
隐私权的保护：员工在上班期间上厕所，虽然是在工作场所内，但这一行为本身属于个人隐私范畴。公司要求员工上厕所刷卡，如果涉及对员工个人隐私信息的收集、使用或泄露，那么就可能侵犯了员工的隐私权。
合理性与必要性：公司应当评估刷卡行为的合理性和必要性。如果刷卡行为并非出于管理需要，而是对员工隐私的过度干涉，那么这种行为就可能不被法律所容忍。
分析角度三：从公司规章制度的角度
规章制度的合法性：公司制定的规章制度应当符合法律法规的规定，不得侵犯员工的合法权益。如果公司要求员工上厕所刷卡的规定违反了法律法规或公序良俗，那么该规定就是无效的。
规章制度的合理性：即使公司规章制度中规定了上厕所刷卡的要求，但如果该要求不合理、不公平或对员工造成了不必要的困扰和负担，那么员工也有权提出异议并寻求法律救济。
建议：
对于员工：如果认为公司要求上厕所刷卡的行为侵犯了自己的合法权益，可以与公司进行沟通协商，要求公司改正。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
对于公司：应当尊重员工的合法权益和隐私权，合理制定规章制度并确保其合法性和合理性。如果确实需要实施上厕所刷卡等管理措施，应当明确目的、合理设置限制条件并保障员工的知情权。
总之，公司要求员工上班上厕所刷卡这一行为是否违法，需结合具体情况来综合判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。