工厂上班旷工扣款是否合法，主要取决于公司是否有合法制定的相关规章制度，并且这些制度是否提前告知了员工，同时罚款数额是否合理且不违反法律法规的强制性规定。以下从多个角度为你详细分析：
法律基础与原则
在我国劳动法律法规中，并未明确赋予用人单位对员工进行罚款的权力。罚款作为行政处罚权，主要由具有行政处罚权的行政机关实施。《中华人民共和国行政处罚法》明确规定了行政处罚的实施主体和范围，用人单位并不包含在内。但这并不意味着用人单位对旷工行为束手无策，而是需要通过合法制定的规章制度来管理员工旷工行为。
规章制度的合法性与合规性
合法制定：
- 工厂有权通过民主程序制定符合法律规定的规章制度，对旷工等违纪行为进行处理，包括扣减工资等措施。
- 制定过程需遵循《中华人民共和国劳动合同法》第四条的规定，即应经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
内容合法：
- 规章制度中的扣款条款必须合理，应与劳动者旷工所造成的实际损失相匹配。例如，按照旷工当天实际未出勤的时间和对应的工资进行扣除通常较为合理。
- 若规定旷工一天扣三天工资等明显不合理的处罚措施，可能因显失公平而不被法律认可。
提前告知：
- 规章制度需向员工公示，确保员工知晓并理解其内容。这可以通过培训、公告、员工手册等方式进行。
扣款的具体限制与计算
每月扣除限额：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，即使工厂有相关规章制度规定旷工扣工资，每月扣除的部分也不得超过劳动者当月工资的20%。
- 若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
扣款计算示例：
- 假设某地区月最低工资标准为2000元，员工小张月工资为5000元。若小张旷工一天，工厂最多可从小张当月工资中扣除1000元（即5000元的20%）。扣除后，小张的剩余工资为4000元，高于当地最低工资标准，因此符合规定。
- 若工厂规定旷工一天扣三天工资，即扣除1500元（假设小张日工资为500元），则超过了当月工资的20%，且扣除后剩余工资低于最低工资标准，这种规定就是不合法的。
劳动者权益保护与维权途径
劳动者权益：
- 劳动者有义务全面履行劳动合同并遵守用人单位的规章制度。
- 同时，劳动者也有权了解自己的权益和义务，在遇到不合法扣减工资的情况时，积极维护自己的合法权益。
维权途径：
- 若劳动者认为工厂扣旷工工资不合理或存在违法行为，可先与工厂协商解决。
- 协商不成时，可向工会寻求帮助，或向劳动监察部门投诉。
- 还可以申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的权益。
工厂管理建议
制定合法合规的规章制度：
- 工厂在制定旷工扣钱的相关规定时，应确保规定的合理性、合法性，并严格遵守相关法律法规的限制。
加强员工培训与沟通：
- 通过培训、公告等方式向员工公示规章制度，确保员工知晓并理解其内容。
- 加强与员工的沟通，及时了解员工的需求和意见，提高员工对规章制度的认同感和遵守度。
建立合理的奖惩机制：
- 除了扣款外，工厂还可以建立其他合理的奖惩机制，如奖励全勤员工、提供培训机会等，以激励员工积极工作、遵守规章制度。
总结来说，工厂上班旷工扣款是否合法取决于公司规章制度的合法性和合规性。在采取任何管理措施之前，工厂应确保自身行为的合法性和合规性，以避免潜在的法律风险。同时，劳动者也应了解自己的权益和义务，在遇到不合法扣减工资的情况时，积极维护自己的合法权益。如果你还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。