结论：工作年限是否累计，主要取决于离职协议的具体内容以及分公司与总公司之间的关系，还有是否符合法律对于工作年限连续计算的规定。以下分情况详细说明：

1. 若离职协议中明确约定工作年限不累计：

   • 在这种情况下，即使员工随后与分公司签订了新的劳动合同，原在总公司的工作年限通常不会被累计计算。这是因为双方已经通过协议形式明确了工作年限的处理方式，该协议在合法有效的前提下，对双方均具有约束力。

2. 若离职协议中未明确约定工作年限的处理方式，或约定不明确：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第十条：“劳动者非因本人原因从原用人单位被安排到新用人单位工作的，劳动者在原用人单位的工作年限合并计算为新用人单位的工作年限。原用人单位已经向劳动者支付经济补偿的，新用人单位在依法解除、终止劳动合同计算支付经济补偿的工作年限时，不再计算劳动者在原用人单位的工作年限。”
   • 若分公司与总公司为关联企业，且员工非因本人原因从总公司被安排到分公司工作：在这种情况下，即使签订了离职协议，但若协议中未明确排除工作年限的累计，且符合上述法律条款的规定，员工在总公司的工作年限仍有可能被累计计算到分公司的工作年限中。
   • 若分公司与总公司为独立法人，且员工离职后重新与分公司建立劳动关系：在这种情况下，由于分公司与总公司是独立的法律主体，员工在总公司的工作年限通常不会被自动累计到分公司。但是，如果离职协议中没有明确排除工作年限的累计，且员工能够证明其离职并非出于本人意愿，而是由于公司安排等原因，那么在某些情况下，法院或仲裁机构可能会根据具体情况判断是否应累计计算工作年限。

3. 特殊情况下的考虑：

   • 如果离职协议存在显失公平、欺诈、胁迫等情形，导致员工在签署时并非出于真实意愿，那么该协议中的相关条款可能会被认定为无效或可撤销。在这种情况下，员工在总公司的工作年限仍有可能被累计计算。

建议：

• 在签署离职协议前，务必仔细阅读协议内容，特别是关于工作年限处理的条款。如有疑问或不明确之处，应及时向公司或法律专业人士咨询。
• 如果希望保留在总公司的工作年限，以便在分公司享受相应的权益（如年假、经济补偿等），可以在离职协议中明确约定工作年限的累计方式，或者在与分公司签订劳动合同时，就工作年限的累计问题进行特别约定。
• 如遇纠纷或不确定情况，建议及时寻求法律帮助，以维护自己的合法权益。

后续行动：如果您有具体的离职协议内容或分公司与总公司的关系情况，可以进一步向我咨询，以便我为您提供更具体的法律建议。