结论：两个人合伙包工程但只有一个人签了合同，这种行为本身并不直接违法，但存在诸多潜在风险，需要通过完善内部协议、明确权利义务等方式来规避风险。
一、合法性分析
从法律层面讲，两个人合伙包工程，但合同仅由其中一人签署，这一行为本身并不直接构成违法。合伙关系主要基于双方之间的内部约定，而合同的签署则是与外部第三方（如发包方）建立法律关系的行为。只要合同内容合法，且签署人具备相应的民事行为能力，合同即具有法律效力。然而，这种安排可能引发内部和外部的诸多问题。
二、潜在风险
内部风险：
- 权益分配不明：若未明确约定合伙人的权益分配比例和方式，可能导致在工程收益分配时产生纠纷。
- 责任承担不清：在工程实施过程中，若发生违约、侵权等法律责任，未签署合同的合伙人可能主张其不应承担责任，而签署合同的合伙人则可能面临独自承担全部责任的风险。
外部风险：
- 发包方认知：发包方可能仅认可签署合同的合伙人作为合同相对方，对未签署合同的合伙人的身份和地位产生质疑，从而影响工程的顺利进行。
- 第三方权益保护：在工程实施过程中，若涉及与第三方的交易或合作，未签署合同的合伙人可能因缺乏合同依据而难以维护自身权益。
三、完善建议
签订内部合伙协议：
- 合伙人之间应签订详细的内部合伙协议，明确各自的权利义务、权益分配比例和方式、责任承担方式等关键条款。
- 合伙协议应具有法律效力，建议由专业律师起草或审核，以确保其合法性和有效性。
与发包方沟通并补充协议：
- 若可能，应与发包方沟通，说明合伙关系及合同签署情况，争取发包方的理解和支持。
- 在必要时，可与发包方签订补充协议，明确未签署合同的合伙人在工程中的地位和作用，以及各方之间的权利义务关系。
加强内部管理：
- 建立健全的内部管理制度，包括财务管理、工程管理、人员管理等，以确保工程的顺利进行和合伙人的权益得到保障。
- 定期召开合伙人会议，及时沟通工程进展情况、财务状况等关键信息，共同决策重大事项。
考虑法律途径：
- 若在工程实施过程中发生纠纷或争议，应及时寻求法律途径解决，包括协商、调解、仲裁或诉讼等。
- 在处理纠纷时，应充分利用内部合伙协议和与发包方签订的合同等法律文件作为依据，维护自身合法权益。
四、特殊情况处理
若未签署合同的合伙人实际参与了工程的实施和管理，且发包方对此知情并认可，那么该合伙人可能被视为事实上的合同相对方之一。在这种情况下，应尽快与发包方沟通并签订补充协议，以明确各方的权利义务关系，避免后续纠纷的发生。
总之，两个人合伙包工程但只有一个人签了合同，虽然不直接违法，但存在诸多潜在风险。通过签订内部合伙协议、与发包方沟通并补充协议、加强内部管理以及考虑法律途径等措施，可以有效规避这些风险，保障合伙人的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。