综合工时制未经审批通过，但合同已签订，该合同中关于综合工时制的条款无效，但合同整体不一定无效。以下从不同角度进行详细分析：
一、综合工时制的审批要求与法律效力
根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，企业在实行综合工时制之前，必须经过劳动行政部门的审批，获得相关许可。这一审批程序是法定要求，旨在保障劳动者的合法权益，确保企业合理安排工作时间和休息休假。若企业未经审批擅自实行综合工时制，则该工时制度不具备法律效力。这意味着，即使企业与劳动者在劳动合同中约定了综合工时制，但因未履行审批手续，该约定仍属无效。
二、合同整体效力的判断
合同部分无效不影响整体效力：
- 劳动合同中关于工时制度的条款只是合同的一部分。如果这部分条款因未经审批而无效，但合同的其他部分（如工作内容、工作地点、劳动报酬等）仍然合法有效，且双方当事人均愿意继续履行，那么合同整体仍然有效。
合同整体无效的特殊情况：
- 如果劳动合同中关于工时制度的条款是合同的核心条款，且该条款的无效导致合同目的无法实现（例如，劳动者因工时制度不合法而拒绝工作），那么合同整体可能被认定为无效。但这种情况较为罕见，需要具体分析合同内容和双方当事人的意愿。
三、法律后果与责任承担
行政处罚与责任：
- 劳动行政部门有权责令企业改正违规行为，包括向劳动者支付延长工作时间的工资，并需要补办审批手续。同时，企业还可能面临相应的罚款等行政处罚。
加班费的支付：
- 在未经审批的综合工时制下，如果劳动者的工作时间超过了标准工时制的时间（即每日工作超过8小时，每周工作超过40小时），那么这部分时间应折算成加班工时。劳动者有权要求用人单位按照法律规定支付加班费。
默认适用标准工时制：
- 对于未经审批的企业，默认适用标准工时制度。即劳动者每日工作不超过8小时，每周工作不超过40小时。企业需按照此标准安排工作时间和休息休假。
四、建议与措施
企业应严格遵守审批程序：
- 在实行综合工时制前，企业务必履行审批手续，以获得法律上的认可和保护。避免因未经审批而面临法律风险和经济损失。
劳动者应了解自己的工时权益：
- 劳动者有权要求企业按照标准工时制执行并支付相应的加班费。对于未经审批的工时制度，劳动者可以向劳动行政部门投诉或寻求法律援助。
双方应协商解决争议：
- 如果因综合工时制未经审批而产生争议，双方应首先通过协商解决。协商不成的，可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼。
总结来说，综合工时制未经审批通过，但合同已签订的情况下，合同中关于综合工时制的条款无效，但合同整体不一定无效。企业应严格遵守相关法律法规，确保工时制度的合法性和有效性；劳动者也应了解自己的工时权益，对于未经审批的工时制度有权要求企业按照标准工时制执行并支付相应的加班费。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。