结论：施工招标已完成并已签订合同，合同中包含二类费用，并不直接等同于违法。是否违法需结合具体情况及法律法规进行综合判断。

分析：

1. 二类费用的定义与性质：

   • 二类费用通常指的是在建设工程中，除直接工程费（如人工、材料、机械等直接用于工程建设的费用）之外的其他费用，可能包括但不限于管理费、利润、规费、税金等。这些费用是工程建设成本的重要组成部分，其合法性和合理性需根据具体合同条款和法律法规进行判断。

2. 合同自由原则：

   • 在建设工程领域，合同双方享有合同自由原则，即双方可以在不违反法律法规强制性规定的前提下，自由约定合同内容，包括费用的种类和金额。因此，合同中包含二类费用本身并不违法，关键在于这些费用的约定是否合法、合理，以及是否符合相关法律法规的规定。

3. 违法性的判断标准：

   • 要判断合同中包含二类费用是否违法，需考虑以下几个方面：
     • 是否违反法律法规的强制性规定：如是否违反了关于工程计价、费用构成、税收等方面的法律法规。
     • 是否损害国家、社会公共利益或他人合法权益：如是否通过不正当手段抬高费用，损害国家利益或他人利益。
     • 是否显失公平或存在欺诈、胁迫等情形：如合同双方地位是否平等，费用约定是否合理，是否存在一方利用优势地位强迫另一方接受不合理费用等。

4. 具体案例与司法实践：

   • 在司法实践中，法院通常会根据合同的具体内容、双方当事人的行为、相关法律法规的规定以及行业惯例等因素，综合判断合同中包含二类费用是否违法。如果合同双方能够证明费用的约定是合法、合理的，且没有违反法律法规的强制性规定，那么合同中的二类费用通常不会被认定为违法。

建议：

• 审查合同条款：建议仔细审查合同条款，确保二类费用的约定合法、合理，且符合相关法律法规的规定。
• 咨询专业人士：如有疑问或需要进一步的法律指导，建议咨询具有建设工程领域专业知识的律师或相关机构，以获取更准确的法律意见。
• 关注行业动态：由于法律法规和行业惯例可能随时间发生变化，建议持续关注相关动态，以确保合同内容的合法性和合规性。

后续行动：

• 如果您对合同中二类费用的合法性存在疑虑，或者已经因此产生了纠纷，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。