关于“二类费由施工单位支付是否违法”的问题，不能一概而论，需要分情况讨论：
合同约定优先：
- 在建设工程合同中，双方可以明确约定各类费用的承担方。如果合同中明确规定了“二类费”（通常指除直接工程费外的其他费用，如管理费、利润、规费等中的某一部分或全部，具体根据合同约定）由施工单位支付，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么施工单位按照合同约定支付二类费是合法的。
法律法规的强制性规定：
- 如果相关法律法规对二类费的承担有明确的强制性规定，且规定与合同约定相悖，那么应遵循法律法规的规定。例如，某些规费（如社会保险费、住房公积金等）可能由法律法规明确规定应由建设单位（业主）承担，此时即使合同中约定由施工单位支付，该约定也可能因违反法律法规的强制性规定而无效。
公平原则与行业惯例：
- 在没有合同约定或法律法规强制性规定的情况下，二类费的承担应遵循公平原则和行业惯例。如果施工单位承担二类费明显不合理，或者与行业惯例相悖，那么施工单位可以主张调整或拒绝承担。
法律建议：
- 审查合同：首先，应仔细审查建设工程合同，明确合同中关于二类费的承担约定。
- 了解法律法规：其次，应了解相关法律法规对二类费承担的规定，确保合同约定不违反法律法规的强制性规定。
- 协商与调解：如果合同约定与法律法规或行业惯例存在冲突，双方应首先尝试通过协商或调解解决争议。
- 法律途径：如果协商或调解无果，施工单位可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁，以维护自身合法权益。
可能后果：
- 如果施工单位按照合法有效的合同约定支付了二类费，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么施工单位的行为是合法的，不会承担法律责任。
- 如果施工单位未按照合同约定或法律法规的规定支付二类费，可能面临违约责任或行政处罚等法律后果。
总结：二类费由施工单位支付是否违法，取决于合同约定、法律法规的强制性规定以及公平原则和行业惯例。在处理此类问题时，建议施工单位仔细审查合同、了解法律法规，并在必要时寻求专业法律帮助。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。