关于“总公司发工资分公司缴纳社保是否合法”的问题，这是一个涉及劳动关系、社保缴纳规定以及公司内部管理规定的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：

一、合法性分析

1. 劳动关系认定：

   • 劳动关系的认定主要基于管理与被管理关系、劳动者提供的劳动是否为用人单位业务的组成部分，以及用人单位是否支付劳动报酬等因素。在总公司发薪、分公司缴纳社保的情况下，只要劳动关系的实质性要素明确，且这种安排不影响劳动关系的清晰性，即不构成违法。

2. 社保缴纳规定：

   • 根据《社会保险法》，用人单位应自用工之日起三十日内为职工办理社保登记。分公司若依法取得营业执照或登记证书，则具备为劳动者缴纳社保的主体资格。因此，分公司代表总公司缴纳社保在法律上是可行的。

3. 关联安排的合法性：

   • 分公司需具有独立的营业执照，并能以自己的名义进行社保和公积金的开户与缴纳。同时，总公司和分公司之间应有明确的内部管理规定，确保这种安排属于公司整体人力资源管理体系的一部分，且符合相关法律法规和政策要求。

二、可能存在的风险及应对措施

1. 属地管理差异风险：

   • 不同地区的社保政策可能存在差异，导致缴费标准不一致。公司应密切关注并遵守各地社保政策，及时调整缴纳策略，确保合规性。

2. 工资与社保不匹配风险：

   • 工资发放主体与社保缴纳主体不一致可能引发误解或纠纷。公司应通过内部规章制度明确工资发放和社保缴纳的操作流程，并向员工做好沟通解释工作，确保员工理解并接受这种安排。

3. 法律责任承担不明确风险：

   • 在发生劳动或社保纠纷时，总公司和分公司之间可能相互推诿责任。因此，公司应在内部管理规定中明确责任分工，确保在纠纷发生时能够迅速响应并承担责任。

三、合规建议

1. 制定明确的内部管理规定：

   • 总公司和分公司应共同制定详细的内部管理规定，明确工资发放、社保缴纳的具体流程和责任分工，避免管理混乱。

2. 加强沟通与解释：

   • 公司应向员工充分解释工资发放与社保缴纳主体不一致的原因和合理性，确保员工了解并接受这种安排，减少误解和纠纷的发生。

3. 关注政策变化并及时调整：

   • 公司应密切关注国家和地方社保政策的变化，及时调整社保缴纳和工资发放策略，确保始终符合法律法规的要求。

4. 保障员工权益一致性：

   • 无论在哪个公司缴纳社保，员工享有的社保和公积金权益都不应受到损害。公司应确保员工能够按照最有利的政策享受相应权益。

总结：

总公司发薪、分公司缴纳社保的做法在符合一定条件下是合法的，但公司需谨慎操作，确保合规性，并采取有效措施防范潜在的法律风险。在实际操作中，建议公司咨询当地社保部门或专业律师的意见，以获取更具体的指导和帮助，确保劳动者的合法权益得到充分保障。