结论：在建设工程五方验收并出具报告后，备案过程中发现施工资料不齐全，能否起诉要求施工单位承担责任，需根据具体情况分析，一般而言，若因施工单位原因导致资料不齐全且给建设单位造成损失，建设单位可以起诉要求施工单位承担相应责任。
分析如下：
合同依据：
- 建设工程合同中通常会明确约定施工单位应提交完整、准确的施工资料作为合同义务的一部分。若施工单位未按照合同约定提交齐全的施工资料，即构成违约。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。因此，建设单位有权依据合同约定要求施工单位承担违约责任，包括但不限于补充提交资料、赔偿因资料不齐全导致的损失等。
资料不齐全的影响：
- 施工资料是建设工程备案、竣工验收、质量保修等后续环节的重要依据。若资料不齐全，可能导致备案延误、竣工验收无法通过、质量保修责任无法明确等问题，进而给建设单位造成经济损失。
- 若因施工单位原因导致资料不齐全，且该不齐全状态与建设单位遭受的损失之间存在因果关系，建设单位可以要求施工单位承担赔偿责任。
起诉条件与程序：
- 建设单位在起诉前应确保已收集充分证据证明施工单位存在违约行为（如未提交齐全施工资料）以及该违约行为与自身损失之间的因果关系。
- 起诉时，建设单位应向有管辖权的人民法院提交起诉状及相关证据材料，明确诉讼请求（如要求施工单位补充提交资料、赔偿损失等）及事实理由。
- 法院将依法审理案件，并根据双方提供的证据及法律规定作出判决。若判决施工单位承担责任，施工单位应履行判决义务；若施工单位不履行，建设单位可申请强制执行。
特殊情况考虑：
- 若施工资料不齐全是由于不可抗力、第三方原因等非施工单位过错导致，施工单位可能不承担违约责任。但在此情况下，施工单位仍应积极配合建设单位采取补救措施，以减少损失扩大。
- 若双方在合同中就施工资料提交问题有特别约定（如约定了资料提交的时间、方式、格式等），且施工单位未按照约定履行，建设单位可依据特别约定要求施工单位承担责任。
建议：
- 在发现施工资料不齐全后，建设单位应首先与施工单位进行沟通协商，要求施工单位补充提交资料或采取其他补救措施。
- 若协商无果，建设单位应及时收集证据并咨询专业律师，评估起诉的可行性和风险，以便做出明智决策。
- 在起诉过程中，建设单位应积极配合法院工作，提供充分证据支持自己的诉讼请求，以维护自身合法权益。
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