结论前置：借款一百万日付违约金3‰（即每日支付3000元违约金）的约定，在法律上可能被认定为过高，法院或仲裁机构可能会根据实际情况予以适当减少。

详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。但约定的违约金应合理，不能过分高于或低于因违约所造成的实际损失。

2. 违约金合理性的判断：

   • 在司法实践中，法院通常以违约造成的损失为基础来判断违约金是否合理。一般来说，法院倾向于将违约金控制在违约造成损失的30%以内视为合理。对于借款合同而言，违约造成的损失通常包括利息损失、实现债权的费用等。
   • 假设借款一百万，按照当前民间借贷利率司法保护上限（一年期贷款市场报价利率LPR的4倍）计算，年利率约为14%（假设一年期LPR为3.5%）。那么，一年的利息损失约为14万，换算到每天约为383.56元（140000÷365）。如果日付违约金3‰，即每日支付3000元，这显然远高于每日的利息损失，因此可能被认定为过高。

3. 违约金调整的可能性：

   • 如果约定的违约金过分高于造成的损失，人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。这意味着，即使合同中约定了较高的违约金，违约方也有权请求法院或仲裁机构进行调整。

4. 实际操作建议：

   • 在签订借款合同时，双方应合理约定违约金数额或计算方法，确保符合法律规定的合理性要求。
   • 如果发生违约情况，双方应首先尝试通过协商解决争议。如果协商不成，可以向法院提起诉讼或申请仲裁，由法院或仲裁机构根据实际情况判断违约金的合理性并进行调整。

公式计算与示例：

• 利息损失计算：假设年利率为14%，则一年的利息损失为：1000000 * 14% = 140000元。换算到每天约为：140000 ÷ 365 ≈ 383.56元。
• 违约金合理性判断：如果日付违约金3‰，即每日支付3000元，这远高于每日的利息损失383.56元，因此可能被认定为过高。

总结与建议：

借款一百万日付违约金3‰的约定，在法律上可能被认定为过高。为了避免不必要的法律纠纷和损失，建议双方在签订借款合同时合理约定违约金数额或计算方法，并确保符合法律规定的合理性要求。如果发生违约情况，应及时寻求法律途径解决争议，并由法院或仲裁机构根据实际情况判断违约金的合理性并进行调整。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。