针对您提出的“乙肝小三阳体检入职被拒，法院会如何判决”的问题，这确实是一个涉及就业歧视和平等就业权的法律问题。以下是我根据相关法律案例和法规，为您提供的详细解答：

一、法律背景

在我国，就业促进法、传染病防治法等法律明确规定，用人单位不得以是传染病病原携带者为由拒绝录用劳动者。同时，《就业服务与就业管理规定》等行政规章也明确要求，用人单位招用人员，除国家法律、行政法规和国务院卫生行政部门规定禁止乙肝病原携带者从事的工作外，不得强行将乙肝病毒血清指标作为体检标准。

二、案例分析

1. 上海市松江区人民法院案例：

   • 汪先生通过多轮面试后收到录用通知，但在入职体检中被查出乙肝表面抗原阳性（俗称“小三阳”）。
   • 公司以此为由取消录用，汪先生认为构成就业歧视，遂起诉至法院。
   • 法院经审理认为，公司强制要求乙肝检测并单方取消录用的行为违反相关行政法规的禁止性规定，侵害了汪先生的平等就业权，应承担相应的侵权责任。
   • 最终，公司当庭向汪先生赔礼道歉，并赔偿经济损失及精神损害抚慰金。

2. 重庆市第五中级人民法院案例：

   • 李丽应聘重庆某商务公司“线上运营岗位”，面试通过后收到录用通知。
   • 入职体检中查出乙肝病原携带，公司进一步要求检测后，以项目运营不佳、岗位取消为由拒绝录用，但仍在招聘平台继续发布该岗位信息。
   • 李丽认为构成就业歧视，起诉至法院。
   • 一审和二审法院均认为，公司所招聘的岗位并非乙肝患者所禁止从事的工作，其强制乙肝检测并单方取消录用的行为构成就业歧视，侵害了李丽的平等就业权。
   • 法院判决公司在造成的影响范围内赔礼道歉，并承担赔偿精神损害抚慰金的责任。

三、法院判决原则

从上述案例可以看出，法院在判决此类案件时，主要遵循以下原则：

1. 平等就业权保护：法院会认定用人单位以与“工作内在要求”没有必然联系的个人健康因素对劳动者进行区别对待，构成就业歧视，侵害了劳动者的平等就业权。

2. 举证责任分配：在就业歧视案件中，法院会充分考虑当事人的举证能力，对举证责任进行合理分配。劳动者只需初步举证证明符合岗位要求却在入职体检时被查出乙肝病原携带者后被拒绝录用，此时举证责任转移至用人单位。用人单位未能就其在入职体检中设置乙肝病毒检测项目以及拒绝录用劳动者后仍继续发布同一岗位招聘信息作出合理说明的，应承担举证不力的后果。

3. 法律责任承担：用人单位构成就业歧视的，应承担侵害劳动者平等就业权的民事责任，包括赔礼道歉、赔偿经济损失及精神损害抚慰金等。

四、建议

如果您在入职体检中被查出乙肝小三阳并被拒绝录用，您可以：

1. 向行政主管部门举报：用人单位存在将乙肝病毒血清学指标作为体检标准的违法行为的，您可以向相关部门举报，要求其进行行政处罚。

2. 起诉至法院：您可以以公司的违法行为侵害其平等就业权为由起诉至法院，要求公司赔礼道歉、赔偿经济损失及精神损害抚慰金等。

3. 寻求法律援助：在起诉过程中，您可以寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的合法权益。

总之，乙肝小三阳体检入职被拒构成就业歧视的，法院会依法判决用人单位承担相应的法律责任。希望以上解答能对您有所帮助。