结论：国企招标中低价中标后再增加补充协议是否有效，需根据补充协议的内容、签订背景及是否违反法律法规的强制性规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、补充协议内容合法性
不违反法律法规强制性规定：
- 如果补充协议的内容是对原招标合同中未明确或需进一步细化的条款进行补充，且这些补充内容不违反《招标投标法》、《合同法》（现《民法典》合同编）等相关法律法规的强制性规定，那么补充协议通常是有效的。
- 例如，补充协议可能涉及工程量的微调、付款方式的细化等，这些内容在合法合规的前提下，是对原合同的合理补充。
违反法律法规强制性规定：
- 如果补充协议的内容涉及对原招标合同实质性内容的变更，如中标价格、工程质量标准、工期等关键条款，且这种变更未经重新招标或未得到相关监管部门的批准，那么补充协议可能因违反法律法规的强制性规定而无效。
- 特别是低价中标后，通过补充协议大幅提高价格，这种行为可能涉嫌规避招标、串通投标等违法行为，补充协议将因此无效。
二、签订背景与目的
合理调整与完善：
- 如果补充协议的签订是基于工程实际情况的变化，如设计变更、不可抗力因素等，导致原合同部分条款需要调整或完善，且这种调整是合理且必要的，那么补充协议在合法合规的前提下是有效的。
恶意规避与利益输送：
- 如果补充协议的签订是为了恶意规避招标程序、实现利益输送或进行不正当竞争，那么这种补充协议不仅无效，还可能涉及违法犯罪行为，相关责任人将承担法律责任。
三、法律建议与后果
法律建议：
- 在签订补充协议前，应仔细审查原招标合同及补充协议的内容，确保补充协议不违反法律法规的强制性规定。
- 如需对原合同进行实质性变更，应重新进行招标或获得相关监管部门的批准。
- 签订补充协议时，应明确约定变更的内容、原因及双方的权利义务，避免产生纠纷。
法律后果：
- 如果补充协议无效，双方应恢复原状或根据过错程度承担相应的赔偿责任。
- 如果补充协议涉及违法行为，相关责任人可能面临行政处罚或刑事责任。
举例说明：假设某国企在招标过程中，某供应商以低价中标。中标后，双方签订补充协议，将中标价格大幅提高。这种行为很可能涉嫌规避招标程序，补充协议将因此无效。如果因此给国企造成损失，供应商可能需要承担赔偿责任。
进一步思考：在实际操作中，国企应加强对招标及合同签订过程的监管，确保所有环节合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。