中标合同签订后又签订补充协议改变合同实质性内容，其有效性需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、补充协议改变合同实质性内容的有效性原则

1. 双方自愿且合法：如果补充协议的签订是双方真实意思的表示，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该补充协议是有效的。这意味着，即使补充协议改变了原合同的实质性内容，只要双方达成一致，且符合法律规定，就可以产生法律效力。

2. 不损害国家、集体和第三人利益：补充协议的内容不得损害国家、集体或第三人的利益。如果补充协议的签订导致国家、集体或第三人的利益受损，那么该补充协议可能因违法而无效。

二、改变合同实质性内容的具体情形及有效性分析

1. 工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等核心条款的变更：

   • 这些条款通常被视为合同的实质性内容。如果补充协议对这些条款进行了变更，需要特别谨慎。
   • 有效性分析：如果变更是在双方自愿、平等、公平的基础上进行的，且没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么变更可能是有效的。但如果变更导致合同性质发生根本变化，或者损害了国家、集体或第三人的利益，那么变更可能无效。

2. 其他非核心条款的变更：

   • 对于非核心条款的变更，如付款方式、违约责任等，通常不会对合同的实质性内容产生太大影响。
   • 有效性分析：这些变更一般更容易得到法律的认可，只要双方达成一致，且内容合法，就可以产生法律效力。

三、实务中的注意事项

1. 明确变更内容：在签订补充协议时，应明确变更的具体内容，避免模糊不清或产生歧义。

2. 遵循法定程序：如果变更内容涉及需要审批或备案的事项，应按照法定程序进行办理。

3. 保留证据：双方应保留好与补充协议签订相关的所有证据，如会议纪要、邮件往来、签字盖章的协议文本等，以备不时之需。

四、法律后果

1. 有效补充协议的法律后果：如果补充协议有效，那么双方应按照补充协议的约定履行义务，享受权利。如果一方不履行补充协议的约定，另一方有权要求其承担违约责任。

2. 无效补充协议的法律后果：如果补充协议无效，那么双方应恢复原合同的履行状态。如果因补充协议无效给一方造成损失的，受损方有权要求过错方承担赔偿责任。

举例说明：假设在一个建设工程合同中，原合同约定了工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等核心条款。后来，双方签订了补充协议，对工程价款进行了调整。如果这个调整是在双方自愿、平等、公平的基础上进行的，且没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么这个补充协议就是有效的。双方应按照补充协议的约定履行义务，享受权利。

建议：在签订补充协议前，双方应充分沟通、协商，确保变更内容合法、合规、合理。如有必要，可以寻求专业律师的帮助，对补充协议进行法律审查，以降低法律风险。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。