关于中石化实行12小时倒班制度是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况和相关法律法规来综合判断。

首先，我们要明确的是，根据《国务院关于职工工作时间的规定》以及《中华人民共和国劳动法》第三十六条的规定，我国实行的是劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过40小时的工时制度，即标准工时制。超出这一工作时长规定，或在休息日、法定休假日安排工作的，通常构成加班，用人单位需要支付加班费。

然而，对于不能实行标准工时制的企业，法律也提供了灵活性。根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条的规定，企业经过人社部门依法审批后，可以实行综合计算工时制和不定时工作制。这两种特殊工时制度是为了适应某些行业或岗位的工作特点而设立的，它们允许在一定周期内综合计算工作时间，或者不按照标准工时制来安排工作时间。

现在，我们来看中石化的具体情况。以中石化长江燃料有限公司重庆分公司为例，该公司已经获得了重庆市渝中区人力资源和社会保障局的批复，同意其部分工作岗位在特定期间内实行不定时工作制和综合计算工时工作制。这意味着，对于这些被批准实行特殊工时制度的岗位，中石化可以按照批复的要求来安排工作时间，包括可能的12小时倒班制度。但需要注意的是，即使实行特殊工时制度，也必须保证劳动者的休息权，并且要按照法律规定支付加班费（如果确实存在加班情况的话）。

具体来说，对于实行综合计算工时工作制的岗位，中石化需要确保职工的平均日工作时间和综合计算周期内的工作天数与法定标准工作时间基本相同。如果因工作需要延长工作时间，必须严格执行《中华人民共和国劳动法》中关于加班程序、加班时间及加班费计算标准的规定。

因此，中石化实行12小时倒班制度是否合法，取决于该制度是否已经获得了相关人社部门的批复，并且是否严格按照批复的要求和法律法规的规定来执行。如果中石化已经获得了批复，并且确保了劳动者的休息权和加班费的支付，那么这种制度就是合法的。反之，如果没有获得批复或者违反了法律法规的规定，那么这种制度就是不合法的。

最后，我想强调的是，无论实行何种工时制度，用人单位都应该严格遵守劳动法律法规，合理安排工作时间，及时、足额支付加班费，以保障劳动者的合法权益。同时，劳动者在遇到加班却未获得合理报酬时，也应该注意留存相关证据，通过合法途径来维护自己的权益。