核心结论：公司已向小包工头支付款项但小包工头携款潜逃，公司可通过民事追偿、刑事报案、内部管理追责三方面维护权益，具体需结合款项性质、证据情况、合同约定综合处理。以下是详细分析：

一、民事追偿：通过诉讼要求返还或赔偿

1. 基础法律关系
   若公司与小包工头之间存在书面或口头承包合同，且款项性质为“工程款/劳务费”，公司可依据《民法典》第577条（违约责任）或第985条（不当得利）起诉，要求小包工头返还多收款项或赔偿损失。
   关键证据：合同、付款凭证、小包工头确认的工程量清单、沟通记录（如微信、邮件）等。

2. 连带责任追偿（若涉及农民工工资）
   若小包工头未支付农民工工资，根据《保障农民工工资支付条例》第30条，公司可能需承担先行清偿责任，但清偿后可向小包工头追偿。此时需保留：

   • 农民工工资表、签字确认的领取记录；
     
   • 公司已向小包工头支付款项的凭证（证明公司无过错）。

二、刑事报案：追究小包工头刑事责任

若小包工头存在以下行为，公司可向公安机关报案，追究其职务侵占罪或诈骗罪：

1. 职务侵占罪（需满足条件）：

   • 小包工头是公司员工或实际行使公司管理职权（如挂靠公司名义承包）；
     
   • 携款金额达6万元以上（各地标准可能不同）；
     
   • 证据：劳动合同、授权委托书、公司财务制度、小包工头控制款项的证据（如银行流水显示款项转入其个人账户）。

2. 诈骗罪（需满足条件）：

   • 小包工头以虚构事实（如谎称工程需要垫资）或隐瞒真相（如伪造工程量）骗取款项；
     
   • 证据：虚假合同、伪造的工程文件、证人证言（如其他包工头证实其惯用手段）。

注意：刑事报案需公安机关立案，公司需积极配合提供证据，否则可能转为民事纠纷。

三、内部管理追责：防范未来风险

1. 合同审查：未来与包工头合作时，需在合同中明确：

   • 款项支付方式（如直接支付给农民工或分阶段支付）；
     
   • 违约责任（如携款潜逃需赔偿双倍款项）；
     
   • 指定收款账户（避免款项进入个人账户）。

2. 资金监管：

   • 要求包工头提供农民工工资发放记录；
     
   • 对大额款项支付，可要求包工头提供担保（如房产抵押、第三方保证）。

3. 及时止损：

   • 发现小包工头失联后，立即停止支付剩余款项；
     
   • 通知农民工到公司登记债权，避免群体性事件。

行动建议：

1. 立即收集所有与小包工头的合同、付款凭证、沟通记录；
   
2. 咨询律师评估证据充分性，选择民事诉讼或刑事报案；
   
3. 若涉及农民工工资，优先与劳动监察部门沟通，降低行政处罚风险。
   

如有进一步细节（如款项金额、合同内容、小包工头身份等），可随时补充，我会为您制定更具体的方案。