关于您提出的“请假被扣工资再罚款是否合法”的问题，这是一个涉及劳动者权益的重要议题，我将从多个维度为您详细阐述。
首先，明确结论：
在大多数情况下，请假被扣工资再罚款是不合法的。用人单位应当尊重并保护员工的休息休假权利，依法处理员工的请假事宜。
接下来，我们依据相关法律法规进行分析：
《中华人民共和国劳动法》：
- 该法明确规定了劳动者享有休息休假的权利，这是劳动者的基本权益之一。
- 同时，法律也强调用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资，这是保障劳动者劳动报酬权的重要条款。
《中华人民共和国劳动合同法》：
- 该法进一步细化了劳动合同双方的权利与义务，要求用人单位及时足额支付劳动者劳动报酬。
- 对于用人单位未按规定支付劳动报酬的行为，法律也规定了相应的法律责任，以维护劳动者的合法权益。
《工资支付暂行规定》：
- 该规定列举了用人单位可以代扣劳动者工资的几种特定情形，如个人所得税、社会保险费等，但请假罚款并不包含在内。
再来看合同约定方面：
- 如果劳动合同中没有相关约定，用人单位擅自制定罚款规则并实施，这属于单方面变更劳动合同内容，该行为是不合法的。
- 即使劳动合同中有相关约定，但如果该约定违反了法律法规的强制性规定，如明显不合理地加重劳动者负担或排除其主要权利，那么该约定也可能被视为无效条款。
特殊情况下的处理：
- 在某些特殊情况下，如员工请假给用人单位造成了实际经济损失，并且用人单位能够证明该损失与员工请假行为有直接因果关系，同时事先有明确的规章制度规定在这种情况下可从工资中扣除相应赔偿费用，那么这种扣除行为可能会被认为是合理合法的。但需注意，扣除金额不能超过法定的限制范围，且应通过合法途径进行追偿。
内部规章制度的合法性：
- 用人单位制定的内部规章制度必须依法制定，经过民主程序并向员工公示。
- 规章制度中可以明确规定请假的相关事宜及请假未获批准的处理方式，如扣除一定的绩效奖金等，但这不能等同于“罚款”。
最后，关于员工权益保护：
- 如果用人单位违法扣除劳动者工资或进行不合理的罚款，劳动者有权依法向劳动行政部门投诉处理或申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。
综上所述，请假被扣工资再罚款在大多数情况下是不合法的。用人单位应严格遵守相关法律法规，尊重员工的休息休假权利，并依法处理员工的请假事宜。如果员工遇到此类问题，应积极维护自己的合法权益。