针对您描述的情况，核心结论是：您可以根据实际交易关系和合同约定，选择起诉甲公司、乙公司或两者共同承担责任，具体需结合实际情况分析。 以下是详细分析：

一、合同相对性原则下的起诉对象

1. 合同相对性原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同具有相对性，即合同的权利义务主要约束合同双方当事人。在您与甲公司签订的合同中，您是卖方，甲公司是买方，因此，从合同法律关系的角度来看，甲公司是应当支付货款的义务方。

2. 起诉甲公司：若合同中未明确约定货款支付方或发票开具方的变更不影响合同相对性，您有权直接起诉甲公司要求支付未结清的货款。这是因为甲公司作为合同的一方，负有按照合同约定支付货款的义务。

二、实际交易关系下的起诉对象

1. 实际交易关系：尽管货款是由乙公司支付的，且发票也开具给了乙公司，但这并不改变您与甲公司之间的合同关系。然而，如果在实际交易中，乙公司实际参与了交易过程，且甲公司、乙公司及您三方之间存在某种形式的约定或默契，使得乙公司成为实际上的货款支付义务方，那么情况就会有所不同。

2. 起诉乙公司或两者共同：

   • 若存在三方约定：如果甲公司、乙公司及您三方之间有明确的书面或口头约定，表明乙公司是实际上的货款支付义务方，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么您有权根据该约定起诉乙公司要求支付货款。
   • 若构成债务加入或债务转移：如果乙公司的支付行为构成对甲公司债务的加入或转移，且得到了您的认可，那么您也可以选择起诉乙公司或要求甲公司和乙公司共同承担责任。但这种情况需要具体的证据支持，如三方协议、债务转移确认书等。
   • 若无法证明实际交易关系：如果无法证明乙公司是实际上的货款支付义务方，或者无法证明存在债务加入或转移的情况，那么起诉乙公司可能会面临一定的法律风险。此时，更稳妥的做法是同时起诉甲公司和乙公司，要求法院根据实际情况判决责任承担。

三、法律建议

1. 收集证据：在决定起诉之前，务必收集好所有与交易相关的证据，包括合同、付款记录、发票、通信记录等。这些证据将有助于您证明实际交易关系和货款支付情况。

2. 咨询专业律师：由于涉及合同纠纷和可能的债务关系变化，建议您在起诉前咨询专业律师。律师可以根据您的具体情况和证据情况，为您提供更具体的法律建议和诉讼策略。

3. 考虑诉讼成本：在决定起诉之前，还需要考虑诉讼成本的问题。包括诉讼费、律师费、时间成本等。如果货款金额不大，或者诉讼成本过高，可能需要权衡利弊后做出决定。

最后，如果您有任何进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。 我将根据您的具体情况和法律法规的要求，为您提供专业、全面的法律服务。