可以起诉。从法律角度分析，材料商在发票已被甲方公司抵扣但未收到货款的情况下，完全有权通过法律途径追讨货款，以下是具体分析：

1. 合同关系是基础
   双方若存在书面或口头买卖合同，材料商已履行供货义务（有送货单、验收单等证据），甲方公司接收货物并抵扣发票的行为，可视为对合同履行的认可。此时甲方公司未付款构成违约，材料商可依据《民法典》第577条（当事人一方不履行合同义务，应承担继续履行、赔偿损失等违约责任）起诉要求支付货款及逾期利息。

2. 发票抵扣的证明力
   发票抵扣仅能证明甲方公司认可交易真实性并用于税务抵扣，不直接等同于付款义务完成。若材料商能提供送货记录、对账单、沟通记录等证据，与发票形成完整证据链，可进一步证明甲方公司未付款的事实。

3. 诉讼策略建议

   • 证据收集：重点整理供货合同、送货单、验收单、发票、对账单、催款记录（微信/邮件/录音）等材料，证明交易全过程及甲方公司未付款事实。
     
   • 诉讼请求：可主张货款本金、逾期付款利息（按LPR计算）、维权合理支出（如律师费、诉讼费，需合同约定或法定支持）。
     
   • 财产保全：起诉时可申请冻结甲方公司银行账户或等值财产，防止转移资产影响执行。

4. 潜在风险防范
   若甲方公司抗辩“已付款但未收回发票”，需由其提供付款凭证（如银行转账记录、收据）。若甲方公司主张货物质量问题拒付，需其提供质量鉴定报告等证据，否则抗辩难以成立。

行动建议：立即整理交易证据，向甲方公司发送书面《催款函》固定欠款事实，若仍无回应，可在3年内（诉讼时效）向法院起诉。如需进一步分析证据或起草法律文书，可随时向我咨询具体细节。