结论：国内公司不为在非洲工作的员工单独交社保，一般是不合法的，但存在一些特殊情况。

一般情况下不合法

1. 依据国内法律规定：根据我国《社会保险法》以及相关劳动法规，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记，为职工缴纳社会保险，这包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险。这里的“职工”并没有限定其工作地点必须在国内。只要员工与公司存在劳动关系，公司就有义务为其缴纳社保。所以，如果员工虽然被派往非洲工作，但与公司依然保持着劳动关系，公司不为其单独交社保就违反了法律规定。
2. 从劳动权益保障角度：社保是对员工基本权益的保障，无论员工在国内还是国外工作，都可能面临生病、受伤、失业等情况。公司不缴纳社保，会使员工在遇到这些情况时无法获得相应的保障和补偿，损害了员工的合法权益。

特殊情况可能合法

1. 符合当地法律规定且经合法程序：如果员工被派往非洲的某个国家工作，该国家有强制要求在当地缴纳社保的规定，并且公司按照当地法律以及与员工协商一致、经过合法程序（如签订相关协议等），在当地为员工缴纳了符合当地标准的社保，同时暂停或调整了国内社保的缴纳，这种情况可能是合法的。但这种操作需要满足严格的条件，比如要确保当地社保与国内社保在保障范围和水平上具有相当性，不能损害员工的实际权益。
2. 非全日制员工等特殊用工形式：如果员工在非洲的工作属于非全日制用工等特殊形式，且符合我国法律对于非全日制员工社保缴纳的特殊规定（例如非全日制员工可以以个人身份缴纳部分社保，用人单位可不承担全部社保缴纳义务），那么公司不单独交社保可能不违法。不过，这种情况需要严格依据法律对特殊用工形式的规定来判断，不能随意认定。

如果遇到国内公司不为在非洲工作的自己单独交社保的情况，你可以先与公司沟通协商，要求公司依法缴纳社保；如果协商不成，可以向当地的劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。要是你还有其他关于劳动法律方面的问题，欢迎随时向我咨询。