当劳动合同和公司制度不一致时，一般应以劳动合同为准，但具体还需结合实际情况和法律规定来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

从法律原则角度

1. 劳动合同的优先性：劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议，具有法律约束力。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同一旦依法订立，对双方都具有法律约束力，双方应当履行劳动合同约定的义务。因此，在劳动合同与公司制度不一致时，劳动合同的约定通常具有优先效力。例如，劳动合同中明确约定了劳动者的工作岗位、工作时间、劳动报酬等关键条款，而公司制度中却有不同规定，此时应以劳动合同为准。
2. 公司制度的合法性审查：公司制度虽然也是企业管理的重要依据，但其制定必须符合法律法规的规定，且不得与劳动合同相抵触。如果公司制度中的某些条款违反了法律法规的强制性规定，或者与劳动合同中的明确约定相冲突，那么这些条款将被视为无效，不能作为处理劳动争议的依据。

从实际操作角度

1. 协商解决：当发现劳动合同与公司制度不一致时，劳动者和用人单位可以首先通过协商的方式来解决分歧。双方可以就不一致的内容进行沟通，寻求达成共识的解决方案。例如，对于加班工资的计算方式，劳动合同和公司制度可能有不同规定，双方可以通过协商确定一个合理的计算方式。
2. 依据劳动合同主张权利：如果协商无果，劳动者可以依据劳动合同中的约定来主张自己的权利。在劳动争议处理过程中，劳动合同是重要的证据之一，其约定内容将作为判断双方权利义务的重要依据。因此，劳动者应妥善保管好自己的劳动合同，以便在需要时能够提供有力的证据支持自己的主张。
3. 关注公司制度的变更情况：有时候，公司制度可能会因为法律法规的更新、企业经营策略的调整等原因而发生变更。如果公司制度在劳动合同订立后发生了变更，且变更后的内容与劳动合同不一致，那么劳动者应及时了解变更情况，并根据实际情况来维护自己的权益。如果变更后的公司制度对劳动者更为有利，那么劳动者可以要求按照新的制度执行；如果变更后的制度对劳动者不利，且未经劳动者同意，那么劳动者可以拒绝执行，并依据劳动合同来主张自己的权利。

从特殊情况角度

1. 劳动合同存在瑕疵或不明确时：如果劳动合同中的某些条款存在瑕疵或不明确，导致无法直接确定双方的权利义务，此时可以参考公司制度中的相关规定来辅助判断。但需要注意的是，这种参考必须是在不违反法律法规强制性规定的前提下进行，且不能损害劳动者的合法权益。
2. 公司制度经过民主程序制定且公示时：如果公司制度是经过民主程序制定，并已经向劳动者公示或告知的，那么在某些情况下，公司制度可能具有一定的约束力。但这并不意味着公司制度可以完全替代劳动合同，而是在劳动合同没有约定或约定不明确的情况下，可以作为补充依据来使用。

建议：在实际操作中，劳动者应仔细阅读劳动合同和公司制度的相关内容，确保自己了解并同意其中的约定。如果发现两者存在不一致的情况，应及时与用人单位沟通协商，寻求解决方案。如果协商无果或用人单位拒绝履行劳动合同中的约定，劳动者可以向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议。