煤矿对工人违章罚款5000元一般不合法，具体需结合实际情况判断，以下是详细分析：
从罚款主体资格角度
根据《行政处罚法》第十七条，行政处罚由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施。煤矿作为企业，并非行政机关，原则上不具备行政处罚权（如罚款权）。除非煤矿经法律、法规授权（如特定行业法规明确授权），或受行政机关委托实施处罚（需满足委托程序合法、权限明确等条件），否则其自行罚款行为缺乏法律依据。
从罚款程序与标准角度
即使煤矿因特殊授权或委托获得罚款权，其罚款行为仍需严格遵循法定程序与标准：
- 程序要求：需履行调查取证、告知权利、听取陈述申辩、制作处罚决定书等程序，否则构成程序违法。
- 标准限制：罚款金额需符合法律、法规规定的幅度。例如，《安全生产违法行为行政处罚办法》对个人罚款上限通常为3万元，但具体到“违章”行为，需结合地方性法规或行业规范进一步判断5000元是否合理。若地方规定或合同约定罚款上限低于5000元，则超出部分无效。
- 从劳动合同与规章制度角度
若煤矿以“内部管理”为由罚款，需满足以下条件：
- 规章制度合法：罚款规定需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）、公示或告知劳动者，且内容不违反法律强制性规定（如不得克扣工资、罚款比例合理等）。
- 劳动合同约定：若劳动合同中明确约定了违章罚款条款，且该条款不违反法律、行政法规强制性规定，可能被认定为有效。但实践中，此类条款常因“显失公平”或“侵犯劳动者权益”被认定无效。
- 金额合理性：即使规章制度合法，罚款金额也应与违章行为的性质、后果及劳动者收入水平相适应。5000元罚款对普通工人而言可能过高，易被认定为“克扣工资”或“变相处罚”。
处理建议：
- 核实罚款依据：要求煤矿出示罚款的法律依据（如行业法规、委托书）或内部规章制度（需经民主程序制定并公示）。
- 协商与申诉：若认为罚款不合理，可与煤矿协商要求撤销或减少罚款；若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉（如劳动保障监察大队）或申请劳动仲裁。
- 法律途径：若罚款行为严重侵犯权益（如罚款后工资低于最低标准），可提起民事诉讼，要求返还违法罚款并赔偿损失。
提示：煤矿对工人罚款需严格依法依规，工人有权拒绝非法罚款并维护自身权益。如有疑问，可直接向我咨询具体法律问题。