结论：在工厂上班生病五个月后起诉是否有效，这取决于多个因素，包括疾病的性质、是否与工作相关、是否构成工伤以及是否在法定的诉讼时效内提起诉讼等。以下是对这些因素的详细分析：
一、疾病性质与工伤认定
职业病：如果所患疾病被认定为职业病，那么根据《工伤保险条例》的规定，职业病属于工伤范畴。此时，即使生病五个月后，只要在法定的工伤认定时效内（通常为一年，自知道或者应当知道职业病之日起计算），仍然可以申请工伤认定，并进而提起诉讼要求赔偿。
非职业病：如果所患疾病并非职业病，而是由于个人原因或其他非工作原因导致的，那么一般情况下，这不属于工伤范畴。此时，提起诉讼要求工厂赔偿可能缺乏法律依据。但值得注意的是，如果工厂存在过错（如未提供安全的工作环境、未进行必要的健康检查等），且这种过错与疾病的发生有因果关系，那么仍然有可能通过诉讼要求工厂承担一定的赔偿责任。
二、诉讼时效
工伤赔偿诉讼时效：对于工伤赔偿案件，诉讼时效通常为一年，自知道或者应当知道权利被侵害之日起计算。这意味着，如果生病五个月后仍然在诉讼时效内，且已经完成了工伤认定等前置程序，那么可以提起诉讼要求赔偿。
一般民事诉讼时效：如果所患疾病不属于工伤范畴，而是基于工厂的过错提起的一般民事诉讼，那么诉讼时效通常为三年，自知道或者应当知道权利被侵害之日起计算。但同样需要注意的是，即使诉讼时效未过，也需要有充分的证据证明工厂存在过错且这种过错与疾病的发生有因果关系。
三、法律建议
及时申请工伤认定：如果所患疾病有可能被认定为职业病或工伤，建议尽快向当地的社会保险行政部门申请工伤认定。这是提起工伤赔偿诉讼的前提条件。
收集证据：无论是否构成工伤，都需要收集充分的证据来证明自己的主张。这包括医疗记录、工作记录、证人证言等。
咨询专业律师：由于劳动工伤案件涉及复杂的法律程序和专业知识，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。我可以为你提供专业的法律咨询和代理服务，帮助你更好地维护自己的合法权益。
注意诉讼时效：无论选择哪种途径来维护自己的权益，都需要注意诉讼时效的问题。避免因为超过诉讼时效而丧失胜诉权。
总结：生病五个月后起诉是否有效，取决于疾病的性质、是否与工作相关、是否构成工伤以及是否在法定的诉讼时效内提起诉讼等多个因素。如果你面临这样的情况，建议尽快咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。