结论前置：协议中约定辞职需赔偿的条款是否有效及如何处理，需结合具体情形判断，以下是详细分析：
条款效力判断
- 若条款合法合理：若协议中约定的赔偿范围仅针对用人单位为劳动者提供的专项培训费用（如服务期协议中的违约金）、竞业限制补偿等法定情形，且赔偿金额未超过法定标准（如培训费用分摊后未履行服务期的剩余部分），则该条款具有法律效力。此时劳动者辞职需按约定赔偿，否则用人单位可依法追偿。
- 若条款违法无效：若协议中约定的赔偿范围超出法定情形（如要求劳动者支付“离职补偿金”“忠诚保证金”等无法律依据的费用），或赔偿金额明显不合理（如要求劳动者支付数倍月薪的违约金），则该条款可能因违反《劳动合同法》第二十五条（除法定情形外不得约定违约金）而被认定无效，劳动者无需履行赔偿义务。
劳动者应对策略
- 审查协议内容：仔细核对协议中关于赔偿的条款，确认是否属于法定赔偿情形（如培训服务期、竞业限制），并核对赔偿金额的计算方式是否合法。
- 协商解决：若条款部分合法部分违法（如赔偿范围合法但金额过高），可与用人单位协商调整赔偿金额；若条款完全违法，可明确拒绝赔偿并要求用人单位撤销无效条款。
- 法律途径：若用人单位以无效条款为由扣发工资、拒绝办理离职手续或提起劳动仲裁，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张条款无效并要求用人单位履行法定义务（如出具离职证明、结清工资等）。
用人单位风险提示
- 条款设计合法性：用人单位在协议中约定辞职赔偿条款时，必须严格限定在法定情形内（如培训服务期、竞业限制），且赔偿金额需符合《劳动合同法实施条例》第十六条（违约金不得超过服务期未履行部分所应分摊的培训费用）等规定，否则可能面临条款无效的风险。
- 证据保留义务：若主张劳动者赔偿，用人单位需承担举证责任（如提供培训费用发票、竞业限制协议等），否则可能因证据不足败诉。
建议：若您对协议条款的合法性或赔偿金额存在争议，可提供协议具体内容，我将进一步分析条款效力及应对方案。