公司实行综合计算工时制在符合法律规定的情况下是有效的。以下是对这一问题的详细解析：
一、法律依据与审批程序
法律依据：
- 综合计算工时工作制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。其法律依据主要来源于《中华人民共和国劳动法》第三十九条，该条款规定企业因生产特点不能实行标准工时制度的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。
审批程序：
- 企业实行综合计算工时工作制，必须经过劳动行政部门审批。未经审批，企业不得擅自实行。审批过程中，企业需要提交相关材料，如申请书、实施方案、工时管理及工资支付规章制度等，以证明其符合实行综合计算工时工作制的条件。
二、适用对象与范围
适用对象：
- 综合计算工时工作制主要适用于交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的职工；地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工；以及其他适合实行综合计算工时工作制的职工。
适用范围：
- 企业应明确哪些岗位和人员适用综合计算工时工作制，并在劳动合同中明确约定或在规章制度中规定。对于新入职员工或岗位调整的员工，应及时告知并签订补充协议。
三、实施条件与要求
实施条件：
- 企业必须确保在综合计算周期内，劳动者的平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。即在一个综合计算周期内，总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。
实施要求：
- 企业应制定科学合理的综合计算工时工作制实施方案，包括工时计算方式、考勤管理、休息休假安排等内容。同时，企业应建立健全工时管理制度，准确记录劳动者的工作时间，包括出勤、加班、请假等情况。
四、加班工资支付规则
- 在综合计算周期内，如果总实际工作时间超过总法定标准工作时间，企业应按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资；如果在法定节假日安排劳动者工作的，应按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。
五、监督管理与法律责任
监督管理：
- 劳动行政部门应加强对企业实行综合计算工时工作制的监督检查，确保其合法合规实施。企业应定期向劳动行政部门报告综合计算工时工作制的执行情况，接受社会监督。
法律责任：
- 如果企业未经审批擅自实行综合计算工时工作制，或者实施过程中存在违法行为，劳动行政部门将依法追究其法律责任。劳动者也有权对用人单位的违法行为进行举报和投诉，维护自己的合法权益。
总结与建议：
公司实行综合计算工时制在符合法律规定的情况下是有效的，但必须经过劳动行政部门的审批，并确保在实施过程中符合相关条件与要求。作为企业，应充分了解并遵守相关法律法规，制定科学合理的实施方案，并建立健全工时管理制度，以保障劳动者的合法权益。同时，劳动者也应了解自身在综合计算工时制下的权利和义务，以便在必要时维护自己的合法权益。如果您在实行综合计算工时制过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。