公司让员工签综合工时制是否合法，需分情况讨论：
若公司已依法申请并获批综合工时制，且与员工协商一致后签订相关协议，则合法
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条，企业因生产特点不能实行本法第三十六条、第三十八条规定的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。综合工时制即属于“其他工作和休息办法”的一种。
- 法律分析：综合工时制是一种特殊的工作时间制度，它允许企业在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，但平均日和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。若公司已依法获得劳动行政部门的批准，并按照法定程序与员工协商一致后签订综合工时制协议，则该制度在公司与员工之间是合法的。
- 律师观点：公司实行综合工时制需满足两个条件：一是依法获得劳动行政部门的批准；二是与员工协商一致并签订相关协议。只有同时满足这两个条件，综合工时制才具有合法性。
若公司未依法申请或未经员工同意擅自实行综合工时制，则不合法
- 法律依据：同样根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条，企业实行其他工作和休息办法需经劳动行政部门批准，并与劳动者协商一致。若公司未履行这些法定程序，则擅自实行综合工时制是违法的。
- 法律分析：未经批准或未经员工同意擅自实行综合工时制，可能侵犯员工的合法权益，如休息权、加班费支付权等。员工有权拒绝执行非法的综合工时制，并有权向劳动行政部门投诉或寻求法律援助。
- 律师观点：公司实行综合工时制必须严格遵守法定程序，包括获得劳动行政部门的批准和与员工协商一致。任何违反法定程序的行为都可能导致综合工时制的非法性，并可能引发劳动纠纷。
建议：
- 对于公司：在实行综合工时制前，应确保已依法获得劳动行政部门的批准，并与员工进行充分协商，签订相关协议。同时，应严格按照综合工时制的规定安排员工的工作和休息时间，确保员工的合法权益不受侵犯。
- 对于员工：若公司要求签订综合工时制协议，应仔细阅读协议内容，了解自己的权利和义务。若对公司实行的综合工时制有疑问或异议，应及时向公司提出并寻求解答。若公司未经批准或未经同意擅自实行综合工时制，员工有权拒绝执行并向劳动行政部门投诉。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。