劳动合同中约定的基本工资小于实际发放工资，并不一定违法，其合法性需视具体情况而定。以下从合法与违法两个维度进行详细分析：
合法情形
绩效奖金与补贴因素：
- 劳动者的实际收入往往包含基本工资、绩效奖金、加班费、各类补贴（如餐补、交通补贴）等多元组成部分。若劳动合同明确规定了基本工资，而劳动者通过优异表现额外获得绩效奖金或补贴，导致实际收入高于合同约定，只要用人单位依法及时支付基本工资，且其他收入依据公司规章制度正常发放，此做法合法合规。
- 实例说明：如员工合同基本工资为3000元/月，但因业绩突出获得2000元绩效奖金，加上500元餐补，实际到手工资达5500元/月，此属合法情况。
双方协商一致：
- 在平等自愿的基础上，用人单位与劳动者可协商达成高于合同工资的薪酬安排。例如，为吸引关键人才，用人单位可能承诺额外激励，只要双方认可并实际履行，此类约定同样不违反法律。
违法情形
规避法定义务：
- 部分用人单位为降低社保缴纳基数、加班费支出、经济补偿等，故意在合同中约定较低的基本工资。此举违反了法律规定，因为：
- 社保缴纳：按法律规定，社保费应基于劳动者实际工资缴纳。低报工资将导致劳动者社保权益受损，如退休金减少。
- 加班费计算：加班费应以劳动者实际工资为基数计算，低报将减少劳动者应得加班费。
- 经济补偿：解除劳动合同时，经济补偿也应以实际工资为计算基数，低报将降低劳动者应得经济补偿。
- 实例说明：若员工实际工资为8000元/月，但合同中约定基本工资为4000元/月，用人单位以此为基数缴纳社保、计算加班费和经济补偿，则构成违法。
欺诈或胁迫：
- 若用人单位以欺诈、胁迫等手段迫使劳动者签订低薪合同，该合同可能被认定为无效或可撤销。劳动者在不知情下签订合同，有权要求变更合同条款或主张合同无效。
法律建议与风险提示
对劳动者：
- 若发现劳动合同基本工资低于实际工资，且存在上述违法情形，应先尝试与用人单位协商解决，要求按照实际工资标准调整合同条款或补发差额。
- 协商无果时，可向当地劳动监察部门投诉，或通过劳动仲裁、诉讼等途径维护合法权益。在此过程中，务必保留好工资条、银行转账记录、劳动合同等关键证据。
对用人单位：
- 为避免法律纠纷和风险，签订劳动合同时应严格遵守法律法规，确保劳动合同中的工资待遇与实际支付工资一致。
- 同时，履行好社会保险、公积金等缴费义务，不得以任何理由规避法定义务。
总结来说，劳动合同中约定的基本工资小于实际发放工资，其合法性取决于差异产生的原因及是否符合法律法规。在遵循法律法规的前提下，用人单位与劳动者可灵活约定薪酬待遇，但必须确保不损害劳动者合法权益。一旦发现违法行为，劳动者应依法维权，用人单位也应积极改正。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。