针对您提出的事业单位工作人员连续两年年度考核不合格应如何处理的问题，以下是根据《事业单位人事管理条例》及相关规定给出的详细解答：
一、法规依据
根据《事业单位人事管理条例》第二十一条，事业单位应对工作人员进行年度考核，且年度考核结果是调整岗位、工资及续订聘用合同的重要依据。这一规定明确了年度考核在事业单位人事管理中的核心地位，以及考核结果对工作人员职业发展的直接影响。
二、考核内容与程序
考核内容：年度考核应涵盖德、能、勤、绩、廉五个方面，重点突出工作实绩。具体包括政治表现、职业道德、业务能力、工作态度、工作成果及廉洁自律等。
考核程序：通常包括个人总结、述职、民主测评或民意调查、考核委员会确定考核档次等步骤。这些程序确保了考核的公正性和透明度，使得考核结果能够真实反映工作人员的工作表现。
三、连续两年考核不合格的处理
若事业单位工作人员连续两年年度考核不合格，根据《事业单位人事管理条例》的相关规定，单位可以采取以下措施：
提前通知解除聘用合同：单位应提前30日书面通知该工作人员，解除与其的聘用合同。这一措施体现了事业单位对工作人员工作表现的严格要求，以及对于不合格人员的及时淘汰机制。
岗位调整与工资变动：在解除聘用合同之前，单位也可以根据考核结果，对该工作人员进行岗位调整或工资变动。这既是对其工作表现的一种反馈，也是对其未来职业发展的引导。
四、建议与注意事项
单位应制定明确的考核标准：为了确保考核的公正性和准确性，单位应制定明确的考核标准，并确保所有工作人员都了解这些标准。这有助于减少考核过程中的主观性和随意性。
加强沟通与反馈：在考核过程中，单位应加强与工作人员的沟通与反馈，及时指出其存在的问题和不足，并帮助其制定改进计划。这有助于提升工作人员的工作表现，减少不合格情况的发生。
依法依规处理：在处理连续两年考核不合格的工作人员时，单位应严格依法依规进行，确保程序的合法性和结果的公正性。这有助于维护单位的声誉和工作人员的权益。
综上所述，事业单位工作人员连续两年年度考核不合格时，单位可以依法依规提前通知解除聘用合同，或进行岗位调整与工资变动。同时，单位应制定明确的考核标准，加强沟通与反馈，并依法依规处理不合格人员，以确保事业单位的健康发展。