绩效工资在离职时是否会被扣除，需根据具体情况及公司规定、劳动合同约定来判断，并非一概而论。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合法可扣除的情形
依据合法有效的规章制度：
- 若用人单位拥有明确、合理且经过民主程序制定并向员工公示的规章制度，其中详细规定了绩效工资的核算方式、发放条件以及离职时的处理办法，那么在员工离职时，用人单位可以依据该制度规定，按照实际工作绩效情况核算并扣除相应的绩效工资。
- 举例：公司规定月度绩效奖金根据员工当月工作任务完成情况、工作质量等指标考核发放，且该制度已经过合法程序制定并公示。若员工因工作失误导致绩效不合格，公司按照制度规定扣除绩效工资是合法的。
劳动合同有明确约定：
- 如果劳动合同中对绩效工资的发放标准、考核办法以及离职时的处理方式有明确且具体的约定，并且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位在员工离职时，可以按照合同约定扣除绩效工资。
- 举例：劳动合同中明确规定“若员工在绩效周期内离职，绩效工资将按照实际出勤天数及对应绩效完成比例进行核算发放”。若员工在绩效周期内离职，公司按照此约定扣除绩效工资是合法的。
员工自离给公司造成经济损失：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
- 举例：员工自离导致公司业务受损、客户流失等，公司有权要求员工赔偿损失，并从绩效工资中扣除相应部分。
二、违法扣除的情形
缺乏制度或合同依据：
- 若用人单位既没有相关规章制度对离职员工绩效工资扣除作出规定，劳动合同中也未涉及相关内容，却随意以员工离职为由扣除绩效工资，这种行为属于克扣工资，是违法的。
- 举例：员工离职时，公司以“离职影响团队整体绩效”为由扣除绩效工资，但公司从未有相关制度或合同约定提及这种情况，即为不合法扣除。
考核不公正不合理：
- 即使用人单位有制度或合同约定，但在核算离职员工绩效工资时，所依据的考核标准不公正、不合理，存在恶意压低绩效分数以达到扣除绩效工资目的的情况，这也是违法的。
- 举例：员工离职时，上级领导突然大幅降低其各项绩效评分，且无合理解释和证据支持，这可能被视为恶意克扣绩效工资。
未按实际绩效核算：
- 用人单位应严格按照既定的绩效核算办法进行核算，不得随意提高扣除比例或不按照实际工作绩效情况进行核算。否则，这种扣除行为也是违法的。
- 举例：原本规定绩效工资按照工作成果的完成比例核算，但员工离职时，公司却未按照实际完成率进行核算并扣除绩效工资，这是不符合规定的。
三、员工权益保护建议
查阅公司规章制度及劳动合同：
- 员工在离职前应仔细查阅公司规章制度及劳动合同中的相关规定，确保自身权益不受侵害。若发现公司存在违法扣除绩效工资的行为，应及时与公司沟通协商。
与公司协商沟通：
- 若员工认为公司存在违法扣除绩效工资的行为，可以先与公司协商沟通解决。在协商过程中，员工可以提出自己的诉求和理由，并要求公司给出合理的解释和依据。
寻求法律途径解决：
- 若协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在此过程中，建议员工寻求专业法律人士的帮助，以确保自身权益得到有效保障。
总结来说，绩效工资在离职时是否会被扣除，需根据具体情况及公司规定、劳动合同约定来判断。员工在离职前应仔细查阅相关规定，确保自身权益不受侵害。若公司存在违法扣除行为，员工应及时与公司沟通协商或寻求法律途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。