结论：配偶去世后欠债人三年才起诉，且死亡前存款已无，法院执行情况需分情况讨论，主要取决于债务性质、遗产状况以及继承人责任等因素。以下为具体分析：

1. 债务性质与诉讼时效
   首先需明确债务性质（如是否为夫妻共同债务、是否约定还款期限等）。根据《民法典》第188条，普通诉讼时效为3年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起算。若欠债人三年后才起诉，需审查是否存在诉讼时效中断、中止的情形（如债权人曾催讨、债务人承诺还款等）。若诉讼时效已过，债务人可提出时效抗辩，法院可能驳回起诉；若未过，则继续审查债务合法性。

2. 遗产范围与执行依据
   法院执行需以债务人遗产为前提。根据《民法典》第1161条，继承人以所得遗产实际价值为限清偿被继承人依法应缴纳的税款和债务。若配偶死亡前存款已因正常生活开支、医疗费用等合理用途消耗，或转移至他人名下（需区分合法赠与与恶意逃债），则需通过以下步骤处理：

   • 遗产清算：法院会要求继承人申报遗产，并通过查询银行流水、财产登记信息等核实遗产范围。若存款确已不存在且无其他遗产（如房产、车辆、投资收益等），法院可能因“无财产可供执行”而终结执行程序。
     
   • 恶意逃债的追责：若证据显示配偶生前将存款恶意转移（如无偿转让、低价变卖给亲属），债权人可依据《民法典》第538-542条行使撤销权，要求撤销转移行为并追回财产纳入遗产范围执行。

3. 继承人责任与例外情形

   • 有限继承原则：继承人仅在继承遗产范围内承担责任，若放弃继承或遗产实际价值不足清偿债务，继承人无需以个人财产补足。
     
   • 夫妻共同债务的特殊处理：若债务被认定为夫妻共同债务（如借款用于家庭共同生活），债权人可同时起诉生存配偶，要求其承担连带清偿责任，此时执行对象不限于已故配偶的遗产。

4. 执行程序中的实际操作
   即使存款已无，法院仍可能采取以下措施：

   • 冻结继承人名下与遗产价值相当的财产（如继承的房产、车辆等）；
     
   • 限制继承人高消费或纳入失信被执行人名单（若继承人拒不配合执行）；
     
   • 调查继承人是否隐匿、转移遗产，若发现可追究其法律责任。

建议：若您作为债权人或继承人涉及此类纠纷，需尽快收集证据（如债务合同、遗产清单、银行流水等），并向法院申请财产保全或执行异议之诉。具体操作可进一步向我咨询，我将结合证据材料提供针对性方案。