结论：甲方以乙方员工因工受伤为由扣乙方钱是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下不合法，但特定情形下可能存在例外。以下从不同角度详细分析：
一、一般情况：不合法
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，员工因工受伤，其医疗费用、停工留薪期间的工资等应由用人单位（或工伤保险基金）承担，而非由第三方（如甲方）扣除。
- 若乙方与甲方之间存在合同关系，且合同中未明确约定乙方需承担员工因工受伤的赔偿责任，则甲方无权单方面扣除乙方款项。
法律原则：
- 劳动法规保护劳动者的合法权益，禁止用人单位或第三方以非法手段侵害劳动者的经济利益。
- 合同双方应遵循公平、诚实信用的原则，不得单方面加重对方责任或剥夺对方权利。
实际案例：
- 在实践中，若甲方未经乙方同意，擅自扣除乙方款项以支付员工因工受伤的费用，乙方有权要求甲方返还，并可能通过法律途径追究甲方的违约责任。
二、特定情形：可能合法（但需严格符合条件）
合同约定：
- 若乙方与甲方之间的合同中明确约定，乙方需承担其员工因工受伤的赔偿责任（包括向甲方支付相关费用），且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，则甲方有权根据合同约定扣除乙方款项。
- 注意：此类约定需明确、具体，且不得免除用人单位（乙方）对员工的法定赔偿责任。若约定模糊或存在歧义，可能被认定为无效。
第三方责任：
- 若员工因工受伤系由甲方原因造成（如甲方提供的设备存在安全隐患、甲方工作人员操作不当等），且乙方在承担赔偿责任后有权向甲方追偿，则甲方扣除乙方款项的行为可能构成对乙方追偿权的抵销。但这种情况需严格符合法律规定的条件，且需通过法律程序确认。
三、法律建议
审查合同：
- 乙方应仔细审查与甲方之间的合同，明确双方的权利义务，特别是关于员工因工受伤的赔偿责任条款。
- 若合同中存在不明确或不利于乙方的条款，乙方应及时与甲方协商修改，或寻求法律帮助。
保留证据：
- 若甲方擅自扣除乙方款项，乙方应保留相关证据（如扣款通知、银行转账记录等），以便在必要时通过法律途径维护自身权益。
法律途径：
- 若乙方认为甲方的扣款行为不合法，可先与甲方协商解决；协商不成的，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
总结：甲方以乙方员工因工受伤为由扣乙方钱，在一般情况下是不合法的。但若双方合同中有明确约定或存在特定情形（如第三方责任），则可能构成例外。乙方应仔细审查合同、保留证据，并在必要时寻求法律帮助。如有具体法律问题，可直接向我咨询。