在房地产中心将房产证办在第三人名下引发的行政诉讼中，法院的判决结果取决于行政行为是否合法、证据是否充分以及程序是否正当。以下从不同角度展开分析：

1. 若房地产中心的行为合法合规
   若房地产中心在办理房产证时，严格依据《不动产登记暂行条例》《房屋登记办法》等法律法规，审核了第三人提交的合法材料（如购房合同、完税证明、身份证明等），且程序无瑕疵（如公告、询问等环节符合规定），法院将判决驳回原告诉求。此时，行政行为的合法性得到确认，第三人作为合法权利人，其房产证效力不受影响。

2. 若房地产中心的行为存在违法或瑕疵

   • 实体违法：若第三人通过伪造材料、冒名顶替等手段取得房产证，或房地产中心未尽审慎审查义务（如未核对原件、未核实交易真实性），法院可能判决撤销或变更登记行为，并责令房地产中心重新作出行政行为。
     
   • 程序违法：若登记过程中缺少必要环节（如未公告、未询问利害关系人），或违反法定时限，法院可能以“程序违法”为由撤销登记，但需注意，若程序瑕疵未影响实体权利，法院也可能确认违法但不撤销（如补正程序后权利状态可恢复）。
     
   • 超越职权或滥用职权：若房地产中心无权办理该登记（如跨区域登记），或存在利益输送、徇私枉法等情形，法院将判决撤销登记，并可能建议相关部门追究责任。

3. 若原告与第三人存在民事争议
   若房产证错误登记源于民事纠纷（如借名买房、共有权争议），法院可能中止行政诉讼，建议原告先通过民事诉讼确认权利归属（如合同效力、物权归属），再依据生效判决处理行政登记。此时，行政诉讼的判决需以民事判决结果为依据。

4. 判决后的救济途径

   • 对原告而言：若判决驳回诉求，可上诉或申请再审；若判决撤销登记，可凭生效判决申请更正登记。
     
   • 对第三人而言：若登记被撤销，可提起行政诉讼或民事诉讼主张权利（如要求合同相对方承担违约责任）。
     
   • 对房地产中心而言：若被判违法，需整改程序、追究责任人员，并可能面临国家赔偿。

建议：若您是原告或第三人，需重点收集以下证据：

• 登记材料真实性（如合同、付款凭证、身份证明）；
  
• 房地产中心审查义务履行情况（如核对记录、询问笔录）；
  
• 程序合法性证据（如公告记录、送达回证）；
  
• 民事权利归属证据（如借名协议、共有约定）。
  

具体案件需结合证据和法律细节分析，您可直接向我咨询具体情形。