针对您提出的“行政诉讼立案后发现用别人复印的建房三证办理房产证不合法，应如何处理”的问题，核心结论如下：

1. 立即向法院说明情况，申请中止或撤销原行政诉讼立案（若诉讼尚未终结）
   若行政诉讼尚未进入实体审理阶段（如仅完成立案但未开庭），您应第一时间向法院提交书面材料，说明“房产证办理所依据的建房三证系他人复印件，存在合法性瑕疵”，并申请法院中止原诉讼程序（待房产证合法性争议解决后再恢复审理）或直接撤销原立案（若房产证合法性是原诉讼的核心争议点）。
   法律依据：根据《行政诉讼法》第六十一条，在行政诉讼过程中，若发现被诉行政行为（如房产证登记）的依据（建房三证）存在重大违法情形，法院可依职权或依申请中止诉讼，待相关争议解决后再恢复审理。

2. 针对房产证登记行为，单独提起行政撤销之诉（若原诉讼已终结或需直接解决房产证问题）
   若原行政诉讼已终结，或您希望直接解决房产证合法性问题，可单独以“房产登记部门未尽审查义务，错误依据他人复印件办理房产证”为由，向法院提起行政诉讼，请求撤销该房产证。
   关键证据：需提供建房三证原件持有人的证明（如原件在您或他人手中）、房产证办理时提交的复印件与原件不一致的证据（如复印件无原件持有人签字、盖章或公证）、房产登记部门未核实原件的流程瑕疵证明（如登记档案中无原件核对记录）。
   法律依据：根据《行政诉讼法》第七十条，行政行为主要证据不足的，法院可判决撤销或部分撤销。房产登记部门仅凭复印件办理登记，未履行法定审查义务，属于“主要证据不足”。

3. 同步追究伪造、使用复印件者的法律责任（民事+刑事）

   • 民事责任：若他人伪造或冒用您的建房三证复印件办理房产证，侵犯了您的物权（如房屋所有权），您可依据《民法典》第二百三十三条、第二百三十四条，向法院提起“物权保护纠纷”之诉，要求侵权人停止侵害、返还财产或赔偿损失。
     
   • 刑事责任：若他人故意伪造、变造国家机关证件（建房三证属于国家机关颁发的证件），可能构成《刑法》第二百八十条规定的“伪造国家机关证件罪”，您可向公安机关报案，由公安机关立案侦查。
     

操作建议：

• 优先固定证据：立即收集建房三证原件、房产证办理时的复印件、房产登记部门的档案材料（可通过政府信息公开申请获取），必要时申请司法鉴定（如复印件与原件的同一性鉴定）。
  
• 同步推进程序：在提起行政诉讼的同时，向房产登记部门提出“更正登记申请”（依据《不动产登记暂行条例实施细则》第七十九条），要求其自行撤销错误的房产证；若登记部门拒绝，可在行政诉讼中一并要求法院判决其履行更正职责。
  

温馨提示：行政诉讼程序复杂，涉及证据规则、诉讼时效等多项专业问题，建议您在操作前整理好所有材料，直接向我咨询具体细节（如证据清单、诉讼策略），我会根据您的实际情况提供更精准的指导。