法院在发现有人使用他人建房三证复印件办理假房产证后，会依法追究相关人员的法律责任，并可能采取一系列措施来纠正错误、保护合法权益。具体处理方式如下：
刑事责任追究：
- 如果使用他人建房三证复印件办理假房产证的行为构成犯罪，如伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章罪，法院会依法对犯罪嫌疑人进行审判，并根据犯罪情节判处相应的刑罚，包括有期徒刑、拘役、管制或罚金等。
行政责任追究：
- 即使行为不构成犯罪，也可能违反了相关的行政法规。在此情况下，法院或相关行政机关（如房地产管理部门）可能会对涉事人员给予行政处罚，如罚款、没收违法所得、吊销相关证件等。
民事责任承担：
- 如果使用假房产证给他人造成了损失，如购房者因购买了使用假房产证的房屋而遭受经济损失，涉事人员可能需要承担民事赔偿责任，赔偿受害者的实际损失。
房产证撤销与更正：
- 法院或房地产管理部门在发现房产证是伪造或非法取得的后，会依法撤销该房产证，并可能要求涉事人员配合办理更正手续，将房产证恢复至合法状态。
调查与取证：
- 在处理此类案件时，法院会积极展开调查，收集相关证据，以查明事实真相。这可能包括询问涉事人员、查阅相关文件、进行现场勘查等。
针对此类情况，我建议：
- 及时报案：如果发现有人使用他人建房三证复印件办理假房产证，应立即向公安机关报案，以便及时展开调查和打击犯罪行为。
- 保护证据：在报案前或报案过程中，应尽可能收集并保存相关证据，如假房产证的复印件、涉事人员的身份信息、交易记录等，以便后续的法律程序使用。
- 咨询专业律师：在处理此类复杂法律问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。不过，既然你已经在向我咨询，我会尽我所能为你提供清晰、详细、有深度的解答。
如果你或他人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供针对性的法律建议。