结论：在综合计算工时制下，法定节假日已发加班费，计算周期内的总工时是否扣除法定节假日的工时，需分情况讨论，但法定节假日的工作时间不计入综合计算周期内的总工时用于判断是否超时，且即使未超时也需支付法定假日的加班费。以下是详细分析：
一、综合计算工时制的核心逻辑
综合计算工时制是一种特殊的工作时间安排，其核心在于将一定周期（如周、月、季、年）内的总工作时间与标准工时进行对比，而非按日或小时单独核算。在综合计算周期内，若总工时未超过标准工时，则不支付加班费；若超过，则超时部分需支付加班费。但法定节假日的工作时间具有特殊性，即使周期内总工时未超标，也需支付300%的加班费。
二、法定节假日工时的处理
法定节假日不计入综合计算周期：
- 法定节假日是国家规定的休息日，员工在此期间工作，企业需支付加班费，且这部分工时不计入综合计算周期内的总工时。
- 例如，若某月综合计算周期为167小时，员工在法定节假日工作了8小时，且该月总工时（包括法定节假日）为200小时，但在计算是否超时时，应扣除法定节假日的8小时，即按192小时（200-8）与167小时对比，判断是否超时。不过，实际上法定节假日的加班费是单独计算的，不受是否超时的影响。
法定节假日加班费的计算：
- 法定节假日加班费按员工日工资的300%支付，且不受综合计算周期内总工时是否超时的影响。
- 计算公式：
$\(
\text{法定假日加班费} = \text{日工资} \times 300\% \times \text{法定节假日工作天数（或小时数，按日折算）}
\)$
- 其中，日工资 = 月工资 / 21.75（月计薪天数）。
三、具体案例说明
假设某公司实行月度综合工时制，员工A当月总工时200小时（其中法定假日工作8小时），月薪5000元。
- 标准工时：167小时/月。
- 法定节假日加班费：
- 日工资 = 5000 / 21.75 ≈ 229.89元/天。
- 法定假日加班费 = 229.89 × 300% × (8⁄8) = 689.67元（因为法定节假日工作了整天，所以按1天计算）。
- 延时加班费（假设剩余192小时（200-8）中，除去法定节假日的8小时，实际工作日超时部分需根据具体工作日和每天工作时长计算，此处简化假设剩余192小时均为该月应工作时长内的总时长，且其中超出了标准工时的部分为延时，实际需根据具体排班计算）：
- 若按简化计算，假设该月除法定节假日外，应工作时长为167小时（标准工时），则延时为192-167=25小时（此处为简化说明，实际需根据具体工作日和每天工作时长确定延时）。
- 小时工资 = 5000 / (21.75 × 8) ≈ 28.74元/小时。
- 延时加班费 = 28.74 × 150% × 25 ≈ 1077.75元（实际计算需根据具体延时小时数）。
- 注意：此处的延时加班费计算为简化示例，实际需根据员工具体的工作日和每天工作时长来确定延时小时数。
- 总加班费：689.67（法定假日） + 1077.75（延时，示例值） = 1767.42元（实际值需根据具体延时小时数计算）。
四、关键注意事项
- 审批合规性：企业需经劳动部门批准后实施综合工时制，未经审批的按标准工时计算。
- 法定假日特殊性：即使周期内总工时未超标，法定假日工作仍需支付300%加班费。
- 证据留存：企业应保存考勤记录、排班表等，以证明法定节假日的工作时间和总工时，避免争议。
五、总结与建议
- 企业端：确保综合工时制合法合规，明确加班费计算规则，特别是法定节假日加班费的支付。定期核对工时数据，避免法律风险。
- 员工端：了解综合工时制的特点和加班费计算规则，保存考勤记录，发现异常及时与企业沟通或向劳动监察部门投诉。
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