结论：针对“迟到从不扣工资，仲裁怎么办”这一问题，关键在于明确公司是否有明确的规章制度规定迟到应扣工资，以及该规章制度是否合法有效。若公司无合法有效的规章制度支持扣工资，则员工仲裁时公司可能面临不利后果；若公司有合法有效的规章制度但未执行，员工同样可以主张权益；若公司规章制度合法且已执行，但员工认为不合理，则需通过合法途径维权。以下是对此问题的详细分析：
一、公司无合法有效的规章制度规定迟到扣工资
法律背景：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。若公司没有明确的规章制度规定迟到应扣工资，或者规章制度未经民主程序制定、未公示或告知劳动者，则该规章制度可能被视为无效。
法律建议：
- 在此情况下，如果员工因迟到被公司扣工资（尽管公司实际上从未执行过扣工资，但假设存在此类争议或员工担心未来可能被扣），员工可以向劳动仲裁机构提起仲裁，主张公司扣工资的行为缺乏法律依据，要求公司返还被扣的工资（如果实际被扣）或确认公司不得因迟到而扣工资。
二、公司有合法有效的规章制度但未执行
法律背景：
- 即使公司有合法有效的规章制度规定迟到应扣工资，但如果公司实际上从未执行过这一规定，员工在仲裁时同样可以主张公司未按照规章制度执行，因此不得因迟到而扣工资。
法律建议：
- 员工可以收集证据，如工资条、考勤记录、公司规章制度等，证明公司实际上从未因迟到而扣工资。在仲裁时，员工可以主张公司应继续保持这一做法，或者如果公司未来打算执行扣工资的规定，应确保该规定合法有效并提前告知员工。
三、公司规章制度合法且已执行，但员工认为不合理
法律背景：
- 如果公司的规章制度是合法有效的，并且已经按照民主程序制定、公示或告知了劳动者，同时实际上也在执行迟到扣工资的规定，但员工认为这一规定不合理，那么员工需要通过合法途径来维权。
法律建议：
- 内部沟通：员工可以首先尝试与公司内部进行沟通，表达自己对迟到扣工资规定的不满和理由，寻求协商解决。
- 劳动仲裁：如果内部沟通无果，员工可以向劳动仲裁机构提起仲裁，但此时员工需要承担举证责任，证明公司的规章制度存在不合理之处（如扣工资比例过高、未考虑特殊情况等）。然而，需要注意的是，劳动仲裁机构通常不会直接干预公司规章制度的合理性，除非该规定明显违反法律法规或公序良俗。
- 法律诉讼：如果劳动仲裁结果不满意，员工还可以向法院提起诉讼，进一步维护自己的权益。但同样需要承担举证责任，并证明公司的规章制度存在违法或不合理之处。
四、其他注意事项
- 证据收集：无论哪种情况，员工在仲裁或诉讼前都应尽可能收集相关证据，如工资条、考勤记录、公司规章制度、内部沟通记录等，以支持自己的主张。
- 法律咨询：由于劳动纠纷涉及复杂的法律问题，员工在仲裁或诉讼前最好咨询专业律师（即我，孙芹律师，专注于劳动纠纷领域），以获取更具体的法律建议和指导。
总结：针对“迟到从不扣工资，仲裁怎么办”这一问题，员工应根据公司的实际情况和规章制度来选择合适的维权途径。如果公司无合法有效的规章制度支持扣工资或未执行相关规定，员工可以主张权益；如果公司规章制度合法且已执行但员工认为不合理，员工则需要通过合法途径来维权。在任何情况下，员工都应保持冷静、理性，并寻求专业律师的帮助。