结论：该工资设定方案是否违法，需结合具体情况判断，主要看是否满足当地最低工资标准以及试用期工资的相关规定。以下从不同角度详细分析：
一、关于试用期工资的合法性
试用期工资不得低于最低工资标准：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，试用期工资不得低于本单位相同岗位最低档工资或者劳动合同约定工资的百分之八十，并不得低于用人单位所在地的最低工资标准。
- 在您描述的情况中，试用期前三天每天100元，若这三天也视为试用期的一部分，则需确保这三天工资不低于当地最低工资标准按日折算后的金额。例如，若当地月最低工资标准为2000元，则日最低工资标准约为2000/21.75（月计薪天数）≈92元，因此每天100元是满足的。但需注意，具体计算可能因地区而异，需参照当地具体规定。
- 试用期二个月工资5500元，同样需确保不低于当地最低工资标准，且通常应不低于正式工资的80%（即6000元的80%为4800元），5500元满足这一要求。
试用期工资的合理性：
- 除了满足最低工资标准外，试用期工资还应合理反映劳动者的劳动价值和市场水平。若5500元与同岗位正式员工工资相比过低，可能引发争议，但法律并未明确规定试用期工资与正式工资的具体比例（除不得低于80%外），因此主要依据市场情况和双方协商。
二、关于正式工资的合法性
- 正式工资6000元每月，需确保不低于当地最低工资标准，且应与劳动者的劳动价值、市场水平以及用人单位的薪酬体系相匹配。从法律角度，只要满足最低工资标准，且双方协商一致，该工资水平是合法的。
三、其他注意事项
劳动合同的签订：
- 无论试用期还是正式期，用人单位都应与劳动者签订书面劳动合同，明确工资标准、试用期期限等关键条款。
工资支付的保障：
- 用人单位应按时足额支付劳动者工资，不得克扣或无故拖欠。若发生工资争议，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
地区差异：
- 不同地区的最低工资标准、劳动法规执行力度等可能存在差异，因此具体判断时需参照当地规定。
建议：
- 若您对该工资设定方案有疑虑，建议首先查阅当地最低工资标准及相关劳动法规，确保用人单位的设定符合法律要求。
- 若发现用人单位存在违法行为，如试用期工资低于最低工资标准、未签订劳动合同等，可及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。
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