结论：试用期六个月但前三个月发试用期工资、后三个月发转正工资的做法是否合法，需结合劳动合同期限及具体法律规定来判断。若劳动合同期限较长（如三年以上或无固定期限），且双方明确约定试用期六个月，则该做法可能合法；若劳动合同期限较短（如不满三年），则试用期约定违法，工资发放方式也随之违法。以下从不同角度详细分析：
一、试用期长度的法律规定
根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条：
- 劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；
- 劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；
- 三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。
分析：若您的劳动合同期限属于第三种情况（三年以上或无固定期限），且双方明确约定试用期为六个月，则试用期长度本身合法。但若劳动合同期限较短（如不满三年），则试用期约定违法，后续工资发放方式也必然违法。
二、试用期工资与转正工资的发放规则
即使试用期长度合法，工资发放方式也需符合以下规定：
- 试用期工资标准：根据《劳动合同法》第二十条，劳动者在试用期的工资不得低于本单位相同岗位最低档工资或者劳动合同约定工资的80%，并不得低于用人单位所在地的最低工资标准。
- 转正后工资：转正后工资应按照劳动合同约定或双方协商的标准发放，且应高于或等于试用期工资（除非试用期工资已达到转正后工资的100%，即无差别）。
分析：若双方明确约定试用期六个月，且前三个月按试用期工资标准发放、后三个月按转正后工资标准发放，且均符合上述工资标准要求，则该做法合法。但需注意：
- 试用期工资与转正后工资的差额应合理，不得通过人为延长试用期来变相降低劳动者报酬；
- 工资发放方式应在劳动合同中明确约定，避免口头约定或模糊表述。
三、违法后果及建议
违法后果：
- 若试用期约定违法（如劳动合同期限不满三年却约定六个月试用期），用人单位需向劳动者支付赔偿金（按照已履行的超过法定试用期的期间，以劳动者试用期满月工资为标准计算）；
- 若工资发放方式违法（如试用期工资低于法定标准或未按时发放转正后工资），劳动者有权要求用人单位补足差额或支付经济补偿。
建议：
- 劳动者：签订劳动合同时，务必仔细阅读试用期条款及工资条款，确保符合法律规定；若发现用人单位违法约定试用期或工资发放方式，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
- 用人单位：应严格遵守《劳动合同法》关于试用期及工资的规定，避免因违法约定而承担法律责任；在制定工资政策时，应确保试用期工资与转正后工资的差额合理且符合法律规定。
总结：试用期六个月但前三个月发试用期工资、后三个月发转正工资的做法是否合法，需结合劳动合同期限及具体法律规定来判断。若您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。