结论：一般情况下，本公司不能仅因员工在下班时盗窃别的公司的东西而直接扣工资，但公司可根据内部规章制度或依法解除劳动合同等方式来处理，同时员工可能需承担相应的法律责任。以下从不同角度详细分析：

从工资扣除的合法性角度

1. 工资扣除的法定情形：根据相关法律规定，用人单位扣除劳动者工资应当有合法依据，通常限于代扣代缴个人所得税、社会保险费、法院判决或裁定要求代扣的抚养费赡养费、因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的赔偿等法定情形。员工下班时盗窃别的公司的东西，并不直接属于上述可以扣除工资的法定情形。因此，公司不能仅以此为由直接扣除员工工资。
2. 内部规章制度与工资扣除：如果公司内部规章制度中明确规定，员工有盗窃等违法行为时，公司可以扣除一定比例的工资作为处罚，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，员工也已知悉，那么公司可能在一定程度上有权扣除工资。但即便如此，扣除工资的比例和方式也需符合法律规定，不能随意扣除或超额扣除。不过，这种扣除仍需谨慎操作，因为直接关联到员工的基本生活保障，且可能引发劳动争议。

从公司处理员工违法行为的角度

1. 解除劳动合同：员工下班时盗窃别的公司的东西，属于违法行为，严重违反了职业道德和公司的规章制度（如果公司有相关规定）。根据《劳动合同法》的规定，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。因此，公司有权依法解除与该员工的劳动合同，而无需支付经济补偿。
2. 报警处理：盗窃行为不仅违反了公司的规章制度，还可能构成犯罪。公司有权向公安机关报案，由公安机关依法处理。如果员工被追究刑事责任，公司同样可以依据《劳动合同法》的规定解除劳动合同。

从员工可能承担的法律责任角度

1. 民事责任：员工盗窃别的公司的东西，给该公司造成损失的，应当承担赔偿责任。这属于员工与被盗公司之间的民事纠纷，与本公司无关，但本公司可以配合被盗公司进行调查或提供证据。
2. 刑事责任：如果盗窃行为情节严重，构成犯罪的，员工将面临刑事处罚。这不仅会影响员工的个人声誉和职业生涯，还可能给其家庭带来严重的负面影响。

建议：作为公司，在处理此类事件时，应首先确保自身行为的合法性，避免侵犯员工的合法权益。同时，应积极配合被盗公司或公安机关的调查工作，提供必要的证据和信息。如果员工的行为确实严重违反了公司的规章制度或法律法规，公司应依法进行处理，以维护自身的合法权益和正常的经营秩序。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。